二氧化氯对健康危害极大。当它处于气态或高浓度液态时,具有强烈的刺激性。接触后会引起眼睛和呼吸道刺激,并引发一系列呼吸道疾病,严重者可导致肺水肿和呼吸衰竭,有死亡的危险。皮肤接触或摄入高浓度溶液可能引起刺激和腐蚀,长期接触可能导致慢性支气管炎。