清龙寺建于隋唐二年。它最初被称为“灵感寺”。几经易名，最后定为现在的名字。
在古代，当文帝迁都时，大兴城里的陵墓也被搬到了乡下，而这个“正龙寺”就是为了给死人翻身而建的。后来“密宗”唯一传承人慧果和尚主持此寺，在此结识了后来传入日本的空海和尚，被后世日本人认定为密宗祖籍。现在清龙寺已交由佛教管理，并恢复宗教活动，以其传奇的历史和美丽宁静的风景吸引了众多中外游客。
也有神话。很久以前，胡和的龙王生了一只龙，名叫小青龙。他爱上了邻家精河龙王的龙女，日思夜想。但是老丈人因为身份卑微，不同意他们两个。疯狂的小青龙恼羞成怒，发生性关系，激怒了王母娘娘，王母娘娘被她的发卡钉在了长安的土地上，变成了平原。后来人们怕他死而复生，就在上面建了“灵感寺”，永远压制下去。
