古代以来，近江大津便是政治、经济和文化高度发达的地区。应仁之乱时战争不绝，近江便成为了从京都逃出的亡命将军们的避难之地。以此为背景，中世以来的市和座及行商人，在近江都有很多，特别是著名的近江商人。控制该国是取得天下的前提，进入战国时代，守护六角氏控制了南近江，而浅井氏则凌驾于主家京极氏之上，控制了北近江。
进入战国时代，北近江的守护京极氏由于互相争夺家督之位，导致原本的代官浅井氏势力不断扩大，最终取代了京极氏，制压了北近江。首先浅井氏向南近江的守护六角家示好，屈居其下。但到了浅井久政之子长政时代，打出了反六角家的旗帜，并使家臣团迫使老父久政隐居。浅井长政于1560年在野良田之战中大破兵力优于己军的六角氏，稳固了自身在家中的地位，并趁势入侵南近江，整编了家臣团，迈向了战国大名之路。相反，六角家当主义治却惟恐重臣后藤氏抬头，先下手杀死了重臣后藤贤丰，导致家臣团离反，进一步衰弱了本家的势力。
同时浅井长政娶了织田信长之妹织田市，与织田家结盟。在1568年织田军入侵近江时充当其先锋，为击败六角军作出了贡献。最终六角父子逃往甲贺，近江佐佐木氏四百年来对近江的统治就此结束。而信长为了确保东海至近畿的交通线，在此安插了柴田胜家、佐久间信盛等诸多宿将，并确认盟友浅井长政领有半个近江，但一切都随着征伐越前朝仓氏而改变。
虽然长政为信长妹婿，但始终拗不过老父及家臣团救援老盟友朝仓的意见，最终对信长竖起了叛旗。但由于在姊川之战中的败北，小谷城逐渐被织田军诸将所孤立。此时浅井、朝仓与其他反信长的势力组成了信长包围网，与信长对抗，但随着局势逐渐对信长方有利，原属浅井麾下的近江诸土豪接二连三被策反。最终于1573年，信长出兵歼灭了驰援浅井的朝仓军，并将朝仓义景追到老家一乘谷城，最终迫其自杀，名门朝仓家灭亡。紧接着信长急袭小谷城，经过激战小谷最终落城，浅井父子自杀，浅井氏灭亡，自此近江完全被纳入了信长的掌握。接着信长在琵琶湖畔筑起了雄伟无比的安土城，作为其统一天下的据点。直到本能寺之变信长横死，由于明智光秀的谋反，安土城最终也在战乱中被烧毁。
之后信长的继任者丰臣秀吉以近江为自己的直辖地，并派遣心腹石田三成驻守。秀吉死后，三成为了阻止德川家康夺取丰臣政权而起兵（关原之战），但最终战败被杀。后德川家康分封重臣井伊直政到此，开创了后来彦根藩18万石的基础。江户时代除彦根藩外，此地还有众多小藩，另有他大名的飞地、幕府藏入地、寺社领、旗本知行地等，不可一一尽述。
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