埃博拉病毒通过野生动物传播给人类，并在人群中传播。埃博拉通过密切接触被感染动物的血液、分泌物、器官或其他体液感染人类。人与人之间的传播是通过直接接触受感染者的血液、分泌物、器官或其他体液(通过受损的皮肤或粘膜)以及间接接触受这些体液污染的环境而引起的。在古代非洲的埋葬仪式中，哀悼者与死者尸体的直接接触也可能导致埃博拉病毒的传播。
目前证据显示，非洲果蝠是埃博拉病毒的自然宿主，包括Hypsignathus monstrosus、Epomops franqueti、Myonycteris torquata等。虽然埃博拉病毒也会感染非人灵长类动物(如大猩猩和黑猩猩)，但一般认为非人灵长类动物和人类一样，都是埃博拉病毒的偶然宿主，而非自然宿主。
1989年在菲律宾猴子身上发现的莱斯顿埃博拉病毒，也在菲律宾农场的家猪身上发现。因此，猪可能是埃博拉病毒传播的中间宿主。
