新加坡加入马来西亚后，华人占马来西亚总人口的42%，几乎与马来人持平。当时马来西亚的执政党是以巫统为首的国阵执政联盟，信奉“马来人至上”。1965年，在没有新加坡参与的情况下，由国阵执政联盟控制的马来西亚议会直接将新加坡驱逐出马来西亚。无奈之下，新加坡只能宣布独立。
然而，新加坡加入马来西亚后，新加坡与马来西亚中央政府的关系并不融洽。李光耀主张种族平等，他的理想是把马来西亚建设成一个现代公民国家。但马来西亚的中央政府一直由马来人控制，新加坡的华人经常抱怨被马来西亚政府打压。
李光耀曾多次与中央政府交涉，希望吉隆坡能改变“马来人至上”的政策，给予华人平等的权利。但马来西亚政府不仅不理会李光耀的要求，还试图在新加坡夺权，但失败了。
而且当时李光耀领导的人民行动党也很强大，华人也很拥挤。没过多久，他们就会变成中国人来统治马来西亚，甚至李光耀成为马来西亚总理也不足为奇。当时的马来人当然不希望看到这样的事情发生。当然，他们会赶走以华人为主体的新加坡，从而确立马来人的统治地位。
