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说到半条命剧情，首先要提到这一切的罪魁祸首——外星人组合。
我们对Combine了解不多，现有的半条命游戏和视频中也只有一些简单的参考。我能找到的只是第二章预告片里的模糊影像。从这张图中我们可以看到，它是一种类似于大绿虫的大虫子，长着两个像蟹爪一样有力的爪子和眼镜一样的器具。可能是视力不好，其他信息未知。玩过《半条命2》的玩家可以在游戏中看到两次，坐在棺材里时在下面的传送带上，追布林博士时在屏幕上。
Combine是一种智力和寄生能力都很高的生物。有转化或者寄生其他物种的能力。将其他物种改造成其强大的军队，与弗里曼战斗的盟军士兵就是被Combine改造的人类。还有第一章看到的幽灵，是由一些不服从Combine的可怜地球人改造的。
Xen是一个社会星球，居住着多种族的生物。包括头蟹，福地港人，藤怪等等。不过总的来说，Xen上的大部分生物都倾向于温和无害。你在半条命2里看到的大部分怪物都来自那里。
4组合占用xen
1995年左右，联合帝国入侵并控制了Xen星球，最终将Xen上的大部分生物沦为奴隶种族。并依靠先进的技术与Xen上名为Vortigaunts的优势种族杂交，创造出名为“超级”的物种
士兵的超级士兵。这些超级
士兵不仅能适应Xen星球的恶劣环境，还熟悉联合收割机的强大科技。所以他们有效地控制了整个星球。Combine后来甚至贿赂改造了一些种族成为这个星球的所谓领袖，依靠他们来鼓励其他生物满足Combine的需求。这些所谓的领袖在Xen中被称为Nihilanth。
另外，玩过半条命1的玩家可以看看1代的福迪干人，他们也是脖子和手腕上带着锁链的联合收割机的奴隶。
5布拉克山事件
同时，戈登·弗里曼正在麻省理工学院攻读博士学位。在布莱克梅萨研究机构，一项名为“传送”的实验正在研究人员伊莱和克莱纳博士的监督下进行。这种“心灵运输”可以远距离传送人。通过“心灵传输”的技术，人类意外发现了一个与我们相邻的世界，也就是刚才提到的Xen。
黑梅萨研究设施的主要研究项目是“级联共振实验”。为了研究“级联共振实验”，已经有探险队被派往XEN星球采集实验样品，从XEN星球到地球采集了很多样品。半条命1的玩家可能在XEN上看到很多穿着HEV防护服的尸体，他们一定是探索队的成员。
2000年，戈登·弗里曼来到布莱克梅萨研究机构工作。这时，布莱克梅萨研究机构的科学家们决定对XEN星球的样本进行决定性的测试。该测试由戈登·弗里曼完成，他在空HEV中，当Freeman将样品推入光波中时，发生了级联共振。科学家过度对样本进行了决定性的实验，导致了地球和Xen 空的合并，大量来自外层空的生物闯入了这个混合物。
六小时的战斗
半条命1的故事从这里开始。《半条命1》讲述了戈登·弗里曼杀死尼西兰思，并从联合收割机中解放Xen的故事。在游戏的最后，GMAN将弗里曼置于“慢速时间扭曲”中，打算在危机发生时再次唤醒戈登。
从戈登·弗里曼的联合收割机中解放Xen引起了联合收割机的注意，并了解到地球的存在。Combine认为，既然人类可以接管一个在他们控制下的世界，那么人类必然会对他们的存在构成威胁。所以Combine决定先在地球上发动战争。联合收割机在Xen上找到了戈登·弗里曼传送的入口，这让联合收割机入侵地球的计划顺理成章。
此时的地球一片混乱，在Combine的严密监控下，危机四伏。“心灵感应”在地球上随处可见，大量Xen生物被送往地球各个角落。肆意的屠杀让人类文明荡然无存，所有受战争影响的地方都成了废墟，地球一片混乱。人类开始在城市中寻求更好的栖身之所，很多难以考虑的区域，比如村庄、郊区，都被人类抛弃了。大批人群逃往被军事保护和铁丝网包围的城市，第17城就是这样一座城市。在城市里，人们的生活恢复到过去，这些城市也带给人们安全感。而这些城市之外的世界正在被外星生物侵蚀。
2004年，联合收割机入侵地球的计划开始实施。联合起来通过Xen和地球之间的时间空门大规模入侵。他们以17号城市为基础，通过之前在Xen上成功的技术，制造了一种与主导人类的DNA结合的新生物“超军”。超级军队的攻击吓坏了人类。人们看到城市的中心正在坍塌，形成巨大的深渊，在这些深渊中，堡垒一个接一个地出现。眨眼间，联合起来的力量从要塞中涌出，涌向城市的每一个角落。地球的防御力量很快就淹没在这股洪流中，这场战争就是半条命2中提到的“七小时之战”。防御系统全面瘫痪后，虽然人类用核武器来应对这种新的威胁，但仍然无济于事。面对这突如其来的强大力量，任何抵抗都毫无意义。
战斗将会继续。
七个小时的战斗结束后，黑梅萨研究机构的总经理，看起来稳重优雅的长者布林博士宣布了人类投降的决定。他趁机在混乱中夺权，并说服人类投降结合，重回领导地位。别无选择，人类不得不妥协。因此，布林博士开始代表联合收割机向人们发表讲话，并被赋予了一些权力。“我们应该感谢我们的恩人(联合起来)。是我们的恩人(联合收割机)为我们提供了最好的残存城市——17号城，它正在成为我们真正的家，它将永远是这里最安全的地方。”布林博士总是在人们面前宣扬这种屁话。现在人类投降了，Combine就把目光投向了地球。他们通过“空气体交换计划”用一种人类几乎无法呼吸的新型气体取代了地球大气层。然后设置抑制。
阻止人类繁衍的田间管理条例。这样，地球上就不会诞生新的人类生命。最后，他们把一些物质放入人们的饮用水中，使人们逐渐忘记过去，这样人们就可以很容易地服从布林和他们自己。Combine还想榨干地球的海洋，让人类越来越难生存。弗里曼就是在这样一个绝望而混乱的情况下出现的，他是人类摆脱联合收割机控制的唯一希望。
然而，Combine入侵地球也引来了Xen上怪物们的不满。在不断压迫人类的同时，Combine也在试图赶走Xen的狮蚁等生物。其中，自由Fortigans打算与地球抵抗力量结盟，对Combine进行报复。而那些智商低的种族，比如头蟹，只知道傻乎乎的攻击一切能找到的东西。联合收割机和狮蚁之间的战争大多发生在城市边缘或者一些废弃的建筑里。此时大部分人都集中在市中心，这样可以避免受到战争的影响。在地球的边缘，有大量的头蟹和僵尸。抵抗力量出现在这些危险区域，联合收割机相对难以控制。
2010年，反联合联盟开始。一小群人成立了地下抵抗组织，企图最终摆脱联合收割机的控制。这个组织包括伊莱·万斯博士、他的女儿亚历克斯·万斯、朱迪思·莫斯曼博士、克莱纳博士和前黑山警卫巴尼。在使用了伊莱实验室提供的技术后，抵抗组织的成员变得更加勇敢，最终掀起了一场彻底的革命。成员们已经开始公开对抗联合起来的势力。反叛组织对联合阵线的每一步行动都有相应的对策，这些对策取得了相当好的效果。于是抵抗迅速蔓延，扩大到全城，敌人所到之处皆被消灭。然而，来自Xen的生物Fudigans也成为了抵抗组织的新成员。
终于拉开了半条命2的序幕。被GMAN唤醒后，弗里曼开始了新的战斗。很多人认为G-MAN是属于“星际反叛联盟”的外星人(只不过是人形)，这个组织早在《半衰期》1之前就存在了。这个反抗军联盟拥有不可思议的技术，让G-MAN拥有了控制时间空的力量。通过布拉克山事件，G-MAN引诱联合收割机回到地球。他把地球作为一个战场来转移我们不知道的其他事件。
通过半条命2和资料片第一章的战斗，弗里曼终于摧毁了要塞，但是会结合，谁离得远，就放弃了？战斗将会继续...
