当室内有果蝇时，可以通过焚香的方式将其赶走并消灭。果蝇的呼吸系统非常小而脆弱，需要持续不断的清洁空气体供应。在室内烧香会杀死它们。在果蝇出没的地方和下水道喷洒漂白水，也能有效杀灭果蝇。
果蝇的繁殖能力很强。它们把卵产在腐烂的水果和蔬菜上，这些腐烂的水果和蔬菜的气味会吸引它们。所以，如果是在果园，就要及时清除腐烂的果实，减少果蝇被吸引的概率。
杀灭果蝇主要有物理和化学方法。物理方法是用粘蝇纸，用气味吸引果蝇，然后果蝇会粘在粘蝇纸上。
