1、得到大量的DNA，虽然PCR也可以，但PCR扩增有出错率、但你每做一次常规的PCR，而且每次都要重新提DNA和RNA才行，而且，PCR反应的试剂盒又不便宜，用PCR来制备大量DNA有点得不偿失。尽管构建克隆载体也存在操作复杂（相对于PCR），成功率不是极高，而且还要筛选，但一旦你重组成功并转入了大肠杆菌，你就可以保存了，你想什么时候用，摇个菌，就可以制备到大量的DNA。
2、测序需要。你想转表达，你首先得确定你扩增的目的片段是不是你要的，不要以为你设计了个特异性引物，然后跟你mark的长度就可以确定了，这也只是推测，在科学上不严谨。扩增出的基因片段保险起见或者经费允许，要拿去测序，而一般送测的序列都是构建到载体上的序列，克隆载体上一般也都带有测序引物，已确定这就是你要的那条序列。你要写论文必须要给人真凭实据。
1载体转化系统（Ti质粒转化载体、Ri质粒转化载 体、病毒转化载体） l 2 DNA直接导入转化系统（原生质体、基因枪） l 3种质转化系统（花粉管通道法、生殖细胞浸泡法、 胚囊子房注射法）。 载体转化系统是目前植物基因工程中使用最多、 机理最清楚、技术最成熟的、最重要的一种转化系统, 其中又以Ti质粒转化载体最为重要。 第一节 植物基因工程载体种类 根据其功能和构建过程，可分为以下种类。 （1）目的基因克隆载体：其功能是保存和克隆目的基因。与 微生物基因工程相似，通常是由多拷贝的E Coli小质粒为载 体。 （2）中间克隆载体：是构建中间表达载体的基础质粒。是由 大肠杆菌质粒插入T-DNA片段、目的基因和标记基因等构建 而成。 （3）中间表达载体：是含有植物特异启动子的中间载体。是 构建转化载体的质粒。 （4）卸甲载体：是解除武装的Ti质粒或Ri质粒，是构建转化 载体的受体质粒。 （5）植物基因转化载体：是最后用于目的基因导人植物细胞 的载体，亦称工程载体。它是由中间表达载体和卸甲载体构 建而成。
单单从“原质粒是否含有启动子和终止子”这个问题本身来讲，答案是肯定的。可以用来做基因工程载体的质粒，一个最重要的前提就是，它能自主复制。自主复制，作为一个质粒它要实现这个功能那么就必须进行相关调控蛋白的表达。启动子作为RNA-pol的DNA结合位点（对DNA质粒来讲）或RNA结合位点（对RNA质粒来讲），在启动转录时是必须的。 这是一般意义上的启动子。不过以我的理解，楼主所说的启动子，应该是像T7，tac，Lac这样的基因工程中比较关键的诱导型启动子。对于这些启动子，在原载体质粒上，有还是没有，这个都无紧要或者说可有可无。比如pQE系列载体，商业化的产品一般都自带T5启动子，哪一天我要用某个pQE载体去转没有T5 RNA-Pol而含T7RNA-Pol的宿主，那我可以在我的目的基因上游添加一个T7启动子来实现目的蛋白的表达，如果我还想用IAA而不是IPTG来作为诱导剂来启动表达，那我就把Lac换成Trp启动子。。。。有启动子我可以改、可以换，没有我可以添加，这就是载体构建的过程。事实上，目前载体构建的思路随着相关技术的发展，可以说想怎么玩就怎么玩。
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