微生物可以分为原核微生物、真核微生物和非细胞结构微生物三类，也可以分为细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次氏体、支原体、衣原体、螺旋体八种。
原核生物是指一类细胞核无核膜包裹，只有称作核区的裸露DNA的原始单细胞生物。它包括细菌、放线菌、立克次氏体、衣原体、支原体、蓝细菌和古细菌等。它们都是单细胞原核生物，结构简单，没有细胞器结构，个体微小，一般为1～10 µm，仅为真核细胞的十分之一至万分之一。
真核生物是一类细胞核具有核膜，能进行有丝分裂，细胞质中存在线粒体或同时存在叶绿体等多种细胞器的生物。菌物界的真菌、黏菌，植物界中的显微藻类和动物界中的原生、后生动物等都是属于真核生物类的微生物。
非细胞型微生物是结构最简单和最小的微生物，它体积微小，能通过除菌滤器，没有典型的细胞结构，无产生能量的酶系统，只能在宿主活细胞内生长增殖的微生物。
扩展资料：
一、细菌（学名：Bacteria）是生物的主要类群之一，属于细菌域。也是所有生物中数量最多的一类，据估计，其总数约有5×10^30个。细菌的形状相当多样，主要有球状、杆状，以及螺旋状。
二、病毒是一种个体微小，结构简单，只含一种核酸（DNA或RNA），必须在活细胞内寄生并以复制方式增殖的非细胞型生物。病毒是一种非细胞生命形态，它由一个核酸长链和蛋白质外壳构成，病毒没有自己的代谢机构，没有酶系统。
三、真菌，是一种真核生物。最常见的真菌是各类蕈类，另外真菌也包括霉菌和酵母。现在已经发现了七万多种真菌，估计只是所有存在的一小半。大多真菌原先被分入动物或植物，现在成为自己的界，分为四门。
四、放线菌，是一类主要呈菌丝状生长和以孢子繁殖的陆生性较强大的原核生物。因在固体培养基上呈辐射状生长而得名。大多数有发达的分枝菌丝。菌丝纤细，宽度近于杆状细菌，约05～1微米。
五、立克次氏体（Rickettsia）为革兰氏阴性菌，是一类专性寄生于真核细胞内的G-原核生物。是介于细菌与病毒之间，而接近于细菌的一类原核生物。一般呈球状或杆状,是专性细胞内寄生物，主要寄生于节肢动物。
六、支原体（mycoplasma）是一类没有细胞壁、高度多形性、能通过滤菌器、可用人工培养基培养增殖的最小原核细胞型微生物，大小为01～03微米。由于能形成丝状与分枝形状，故称为支原体。
七、衣原体（chlamydia）是一组极小的，非运动性的，专在细胞内生长的微生物。衣原体可分为4种，即肺炎衣原体、鹦鹉热衣原体、沙眼衣原体和牛衣原体。衣原体为革兰阴性病原体，是一类能通过细菌滤器、在细胞内寄生、有独特发育周期的原核细胞性微生物。
八、螺旋体（spirochete）是一类细长、柔软、弯曲呈螺旋状、运动活泼的原核细胞型微生物。在生物学位置上介于细菌与原虫之间。螺旋体在自然界中分布广泛，常见于水、土壤及腐败的有机物上，亦有的存在人体口腔或动物体内。
参考资料：
微生物的分类依据：形态特征、生理生化特征、生态习性、血清学反应、噬菌反应、细胞壁成分、红外吸收光谱、GC含量、DNA杂合率、核糖体核糖酸（rRNA ）相关度、rRNA的碱基顺序。
简述原核微生物和真核微生物的分纲体系。
原核生物界（Procaryotae）
（1） 光能营养原核生物门
Ⅰ 蓝绿光合细菌纲（蓝细菌类）
Ⅱ 红色光合细菌纲
Ⅲ 绿色光合细菌纲
（2）化能营养原核生物门
Ⅰ 细菌纲
Ⅱ 立克次氏体纲
Ⅲ 柔膜体纲
Ⅳ 古细菌纲
真核微生物（Eucaryotic microbes）
真核微生物主要包括各类真菌，还有粘菌等。
真菌划分各能分类单位的基本原则是以形态特征为主，生理生化、细胞化学和生态等特征为辅。丝状真菌主要根据其孢子产生的方法和孢子本身的特征，以及培养特征来划分各级的分类单位。一些病原真菌的鉴定，寄生和症状也可作为参考依据。真菌可分以下四纲：
Ⅰ 藻状菌纲 菌丝体无分隔，含多个核。有性繁殖形成卵孢子或接合孢子。
Ⅱ 子囊菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成子囊孢子。
Ⅲ 担子菌纲 菌丝体有分隔，有性阶段形成担孢子。
Ⅳ 半知菌纲 包括一切只发现无性世代未发现有性阶段的真菌。
粘菌也可分为四纲，即
Ⅰ 网粘菌纲 自细胞两端各自伸出长的粘丝并接连形成粘质的网络——假原质团。
Ⅱ 集胞粘菌纲 分泌集胞粘菌素，形成假原质团。
Ⅲ 粘菌纲 形成原质团，腐生性自由生活。
Ⅳ 根肿病菌纲 形成原质团，专性寄生。亦有将之归于真菌类。
生物分为三界
微生物界
动物界
植物界
又可以把生物分为五界
植物、动物、原生生物、原核生物
、真菌五界
（原生生物、原核生物
、真菌又属于微生物）
所以它自成一界。
按照细胞核形态，分为3类：
原核类：细菌、蓝细菌、放线菌、支原体、衣原体、立克次氏体
真核类：真菌，原生动物，显微藻类。
非细胞类：病毒，亚病毒 ( 类病毒，拟病毒，朊病毒)。
微生物的分类，主要包括：细菌、病毒、真菌等三种。
细菌：一类细胞细短，结构简单，胞壁坚韧，多以二分裂方式繁殖和水生性强的原核生物。病毒：一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”。真菌：一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。
一、细菌：一类细胞细短，结构简单，胞壁坚韧，多以二分裂方式繁殖和水生性强的原核生物。分布在温暖，潮湿和富含有机质的地方。主要是单细胞的原核生物，有球形，杆形，螺旋形。细胞膜细胞壁细胞质核质。荚膜、鞭毛、菌毛、芽胞。
主要以二分裂方式进行繁殖的。 单个细菌用肉眼是看不见的，当单个或少数细菌在固体培养基上大量繁殖时，便会形成一个肉眼可见的，具有一定形态结构的子细胞群落。菌落是菌种鉴定重要的依据。不同种类的细菌菌落的大小，形状光泽度颜色硬度透明度都不同。
二、病毒：一类由核酸和蛋白质等少数几种成分组成的“非细胞生物”，但是它的生存必须依赖于活细胞。蛋白质衣壳以及核酸（核酸为DNA或RNA）。一般直径在100nm左右，最大的病毒直径为200nm的牛痘病毒，最小的病毒直径为28nm的脊髓灰质炎病毒。病毒的生命活动中一个显著的特点为寄生性。
病毒只能寄生在某种特定的活细胞内才能生活。并利用宿主细胞内的环境及原料快速复制增值。在非寄生状态时呈结晶状，不能进行独立的代谢活动。以噬菌体为例： 吸附DNA注入复制、合成组装释放。（吸附-穿入-脱壳-生物合成-装配与释放）。
三、真菌：一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物。真菌具有真正的细胞核；没有叶绿素，以吸收为营养方式的异养生物；一般都能通过无性繁殖和有性繁殖的方式产生孢子，延续种群；其典型的营养体为丝状分支结构；细胞壁的主要成分为几丁质或纤维素或两者兼有。包含霉菌、酵母、蕈菌以及其他人类所熟知的菌菇类。
真菌独立于动物、植物和其他真核生物，自成一界。真菌的细胞有含甲壳素, 能通过无性繁殖和有性繁殖的方式产生孢子。
微生物包括细菌、病毒、真菌以及一些小型的原生生物、显微藻类等在内的一大类生物群体，它个体微小，与人类关系密切。涵盖了有益跟有害的众多种类，广泛涉及食品、医药、工农业、环保等诸多领域。
在中国大陆地区的教科书中，均将微生物划分为以下8大类：细菌、病毒、真菌、放线菌、立克次体、支原体、衣原体、螺旋体。
其它划分方法：根据存在的不同环境分为空间微生物、海洋微生物等。
按照细胞机构分类分为原核微生物和真核微生物。
微生物的分类
1根据微生物的结构特征，大致分为三类：
(1)非细胞型微生物
(2)原核细胞型微生物
(3)真核细胞型微生物
2常见的原核细胞型微生物：
(1)细菌
(2)支原体
(3)衣原体
(4)立克次体
(5)螺旋体、放线菌
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