在魔法世界里，有一个恐怖的监狱阿兹卡班，里面关押着一个著名的囚犯，名叫小天狼星布莱克，他逃出了监狱。
在人类世界，哈利的生日到了，他收到了很多来信，以及礼物。可是他唯一的亲人，却忘记了他的生日，还让他做讨厌的事。一气之下，哈利使用了魔法，离家出走，来到了骑士公共汽车上。下了车，他被很多人保护着，自己却不知道为什么。他过了几天无忧无虑的生活，见到了自己的朋友。一个晚上，他听到了韦斯莱夫妇的对话，知道了小天狼星布莱克越狱是为了来杀自己。
他们在去学校的路上遇上了摄魂怪。几经周折，终于迎来了新的学期。赫敏报了好多课，许多时间是一样的，可是她都去上了。又过了许久，一次偶然的外出中，哈利得知布莱克是自己的教父，也害死了他的父母，对此十分生气，但并没有告诉别人。
后来，哈利的朋友海格成了老师，但因为一次意外，马尔夫受伤了，海格被起诉。罗恩的宠物老鼠斑斑，变得不怎么听话了，还几次险些惨遭毒手，罗恩认为是赫敏的猫干的。布莱克潜入了校园，打伤了看门人胖夫人。在换了一个看门人后，布莱克不知为什么走到了罗恩床前，手里拿着刀。
魁地奇比赛快开始了，但是却一直不顺利，还出现了摄魂怪与哈利经常看到的一只黑色的狗，因此哈利向卢平老师学了对抗摄魂怪的魔法。
又过了几天，在一次去看海格的途中，赫敏的宠物猫跑开了，三个人去追它，却意外进入了打人柳体内。里面有一个树洞，他们钻进去看到了卢平老师，原来他是狼人，小天狼星也在那里。卢平就跟他们解释事情的前因后果，他们两个人与彼得，哈利的爸爸是很好的朋友，四位都是阿尼玛格斯，当年害死哈利父母的，不是布莱克，而是有着英雄名号的彼得，而那只名叫斑斑的老鼠，就是彼得。阴阳差错下，哈利父亲的死对头斯内普教授也来了，连同摄魂怪。一番搏斗之下，他们还是被抓了。
没有人相信他们的话，唯独邓布利多校长。他用一个时间沙漏，回到了三小时前，救走了布莱克。原来赫敏能在同一时间上好几节课，就是因为这个。由于彼得中途逃跑了，没法澄清布莱克。被识破身份的卢平教授，也只能离开学校。
很快学期就结束了，一切又恢复了平静，哈利回到了女贞路。
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