细菌发酵是利用细菌的特殊代谢途径，把原料转化为目标产物的生物学过程。细菌发酵和酵母菌发酵在本质上是没有区别的，只不过两者的发酵用的菌种不同而已，一种是酵母菌，另一种是细菌，细菌发酵分为厌氧和好养两种，发酵方式也有很多，产物丰富，种类多，应用光，发酵细菌结构简单，有众多的特殊代谢途径，使得其食谱更粗犷，原料成本更便宜，对环境也敏感，易于改良菌种，目前应用最广的也是研究最深入的就是大肠杆菌。
指糖经无氧酵解而生成乳酸的发酵。与乙醇发酵同为生物体内二种主要的发酵形式。在动物组织中，除特殊的内脏外，几乎所有的组织都具有进行这种发酵的性质，此过程称为糖酵解。微生物中具有代表性的乳酸发酵是米根霉（Rhizopus oryzae）等霉菌类。细菌中则是乳酸杆菌。在乳酸杆菌发酵过程中仅从糖类制造乳酸的，称为同质乳酸发酵菌。链球菌，双球菌，小球菌，乳杆菌属（Lactobacillus）等和一部分乳酸杆菌均属此类。除乳酸以外，还产生乙醇、乙酸和二氧化碳等副产品称为异质乳酸发酵菌。除明串球菌属（leuconostoc）外还有数种乳酸杆菌属于此类。在微生物的同质乳酸发酵中，通过糖酵解途径由糖类生成丙酮酸，经乳酸脱氢酶作用形成乳酸。在微生物链球菌中制造L（＋）-乳酸，而乳酸杆菌制造D（—）-乳酸，也有两种乳酸均能制造的等等。在异质乳酸发酵时，与同质乳酸发酵不同，它是按照以下的各个反应进行葡萄糖的分解。
编辑本段过程
葡萄糖→葡萄糖-6-磷酸→葡萄糖酸-6-磷酸→CO2核酮糖-5-磷酸→木糖-5-磷酸→甘氨酰乙醛-3-磷酸+乙酰磷酸甘氨酰乙醛-3-磷酸经糖酵解途径，从丙酮酸形成乳酸，另一方面乙酰磷酸经由乙酰辅酶A乙酰乙醛形成乙醇和乙酸。在异质乳酸发酵中；生成L（+）-乳酸或者D（—）-乳酸，或二个都生成。 乳酸细菌能利用葡萄糖及其他相应的可发酵的糖产生乳酸，称为乳酸发酵。
编辑本段类型
由于菌种不同，代谢途径不同，生成的产物有所不同，将乳酸发酵又分为同型乳酸发酵、异型乳酸发酵和双歧杆菌发酵。 同型乳酸发酵：（经EMP途径） 异型乳酸发酵：（经HMP途径） 双歧杆菌发酵: （经HK途径—磷酸己糖解酮酶途径）
用于发酵食品中的细菌，主要有醋酸杆菌、非致病棒杆菌和乳酸菌3种。
醋酸杆菌 常见于腐烂的水果、蔬菜、酸果汁、醋和饮料酒中。属革兰氏阴性无芽孢杆菌,兼性好氧,但易出现退化型。退化型菌体出现枝状、丝状等弯曲状。老培养物中的菌株革兰氏染色也常常出现变化。醋酸杆菌能氧化乙醇使之成为乙酸，因而是制造食醋的主要菌种。
非致病棒杆菌 经常从土壤、水、空气和被污染的细菌培养皿或血平板中分离得到。非致病棒杆菌中的谷氨酸棒杆菌、力士棒杆菌、解烃棒杆菌经常用于味精(L-谷氨酸盐)的生产。它们能将糖分解成有机酸，并将含氮物质分解成铵离子，再进一步合成谷氨酸并积累于发酵液中。
乳酸菌 能产生乳酸，是发酵乳制品制造过程中起主要作用的一类菌。按其对糖发酵特性可分为同型发酵菌和异型发酵菌。
同型发酵菌在发酵过程中，能使发酵液中80～90%的乳糖转化成乳酸，仅有少量的其他副产物。常用的菌种有：干酪乳杆菌、保加利亚乳杆菌、嗜酸乳杆菌，瑞士乳杆菌、乳酸乳杆菌、乳链球菌、嗜热链球菌及乳链球菌丁二酮乳新亚种。
异型发酵菌在发酵过程中，能使发酵液中50%的乳糖转化为乳酸，另外50%的糖转变为其他有机酸、醇、二氧化碳、氢等。在食品中使用的菌种有葡聚糖明串珠菌和乳脂明串珠菌。
发酵剂
根据不同产品的要求，将以上各菌种以不同的组合形式制成发酵剂，用于发酵乳制品的生产。常见的产品有酸性奶油、干酪、酸奶等（见）。
酵母 属真菌，酵母细胞多为单细胞，有球形、卵圆形、圆柱形、柠檬形、梨形等。在特定条件下某些菌种形成延长的细胞长链，形状与霉菌菌丝相似，称为假菌丝。酵母细胞的大小因培养基成分及菌龄的不同而异，一般是(8～10)×(1～5)μm。
利用酵母的菌体或酵母的发酵作用能制造酒类、馒头、面包、单细胞蛋白等多种食品。
酵母细胞中含有蛋白质、碳水化合物、脂肪、维生素、酶和无机盐等。其中蛋白质含量（按干基计）一般为51～55%，有的甚至更高。组成此蛋白质的氨基酸有13种以上，营养价值高且易于消化吸收。维生素含量也很丰富,已知有14种以上,而且绝大多数是水溶性的。因此酵母是良好的蛋白质资源。
过量的核酸会引起人体发生痛风和肾结石症等疾病。因此供食用的酵母必须加以精制以除去核酸。酵母的浸出液可用于生物营养及营养食品的调味，滋补剂及填充剂等[1] 。
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