设计PCR引物的主要原则是什么

attend是什么意思2023-04-25  31

pcr的技术的主要步骤及pcr引物设计的一般原则分述如下:

1、pcr的技术的主要步骤:

①dna变性:(90℃-96℃):双链dna模板在热作用下,氢键断裂,形成单链dna

②退火:(60℃-65℃):系统温度降低,引物与dna模板结合,形成局部双链。

③延伸:(70℃-75℃):在taq酶(在72℃左右,活性最佳)的作用下,以dntp为原料,从引物的3′端开始以从5′→3′端的方向延伸,合成与模板互补的dna链。

每一循环经过变性、退火和延伸,dna含量即增加一倍。如图所示:现在有些pcr因为扩增区很短,即使taq酶活性不是最佳也能在很短的时间内复制完成,因此可以改为两步法,即退火和延伸同时在60℃-65℃间进行,以减少一次升降温过程,提高了反应速度。

2、引物设计的基本原则

①引物长度:15-30bp,常用为20bp左右。

②引物碱基:g+c含量以40-60%为宜,g+c太少扩增效果不佳,g+c

过多易出现非特异条带。atgc最好随机分布,避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列参照。

③引物内部不应出现互补序列。

④两个引物之间不应存在互补序列,尤其是避免3

′端的互补重叠。

⑤引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%,引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列,否则易导致非特异性扩增。

⑥引物3‘端的碱基,特别是最末及倒数第二个碱基,应严格要求配对,最佳选择是g和c。

⑦引物的5

′端可以修饰。如附加限制酶位点,引入突变位点,用生物素、荧光物质、地高辛标记,加入其它短序列,包括起始密码子、终止密码子等。

引物是一小段核苷酸。PCR中,两个引物分别与目地DNA的2条子链的两端互补,也就是如果从图的平面来看:一个引物与上一条链的左端互补,另一个引物与下一条子链的右端互补。

所以两个引物的序列是不相同的,这样才不会乱。

引物的作用:有了引物分别与子链互补,那些单个的脱氧核苷酸才能够开始连接上去。

① 引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。② 产物不能形成二级结构。③ 引物长度一般在15~30碱基之间。④ G+C含量在40%~60%之间。⑤ 碱基要随机分布。⑥ 引物自身不能有连续4个碱基的互补。⑦ 引物之间不能有连续4个碱基的互补。⑧ 引物5′端可以修饰。⑨ 引物3′端不可修饰。⑩ 引物3′端要避开密码子的第3位

10uM浓度的引物,加个1ul足矣。在PCR反应中,经过n次循环,理论上DNA链的数目扩增了2的n次方。PCR的一个循环,一个DNA模板被复制为2个DNA片段。

PCR循环次数通常就是30左右。循环数太多了,虽然在一定程度上能够提高产物量,但是由于反应时间过长。

有一些非特异产物的扩增也会相应增加;而且随着酶的扩增能力下降,合成目标片段的能力也会随之下降,也可能引起其他的非特异性扩增。

扩展资料:

PCR反应五要素:参加PCR反应的物质主要有五种即:引物(PCR引物为DNA片段,细胞内DNA复制的引物为一段RNA链)、酶、dNTP、模板和缓冲液(其中需要Mg2+)。

引物有多种设计方法,由PCR在实验中的目的决定,但基本原则相同。PCR所用的酶主要有两种来源:Taq和Pfu,分别来自两种不同的噬热菌。其中Taq扩增效率高但易发生错配。Pfu扩增效率弱但有纠错功能。所以实际使用时根据需要必须做不同的选择。

模板即扩增用的DNA,可以是任何来源,但有两个原则,第一纯度必须较高,第二浓度不能太高以免抑制。

参考资料来源:百度百科-聚合酶链式反应

引物是PCR反应中非常重要的一环,我认为引物对PCR的影响主要体现在2方面:

1,影响PCR的特异性,也就是说,所扩增的片段能否是你想要的特异性目的片段,而不是非特异性杂带,一般来说,引物与模板序列匹配的越多,其特异性越好,但引物并不是越长越好,其原因就是下一个方面;

2,影响PCR的效率,在退火环节中,引物越长,退火的反应就越慢,过长时就会阻碍PCR反应的顺利进行,而引物短,则能更快的使引物与模板结合,但其特异性就下降,有可能会出现“乱搭”的情况;

除此之外,引物的GC含量以及引物二聚体的存在,也会影响PCR反应,但我认为主要的还是上述2方面(因为如果不考虑酶切位点的情况,往往目的片段已定时,引物序列能调整的主要就是其长度),所以需要根据模板的情况和目的片段特点,选择合适长度和起始的引物,对PCR的顺利进行是很有帮助的。

如有疑问,欢迎继续讨论,纯属手打,欢迎采纳,祝愉快!

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