六岁的顺治皇帝在北京坐了龙廷之后，四个南明政权又苟延残喘了十几年。
最先在南京继位的弘光帝朱由崧，在大敌当前之下，照样吃喝玩乐，终于把国家玩儿丢了。朱由崧在大兵压境的情况下，也曾通过耶稣会士，求助于基督教会。原来，朱由崧在河南藩邸时，就与毕方济神父相识。称帝后，他即派人请毕方济人朝襄助，诏书中称毕“诚事于天，端于修身，信义素孚”等等。清军南下后，弘光帝见那些军阀们抵挡不住，派毕方济到澳门，想借一支葡萄牙军队帮他抵抗满洲人。毕方济于1645年3月由南京出发，走到半路，就听说南京失陷了。
南京失守后，唐王朱聿键称帝于福州，建年号隆武。毕方济也是朱聿键的旧识—这些传教士都是惯于走上层路线的，于是被请到隆武朝廷。唐王也不是和他谈论基督教义，而是请他去澳门搬兵。同时，鲁王在绍兴自称监国，一年后，被清军所迫，投靠郑成功，最后死在台湾。唐王在清朝大军人闽后，被俘，自缢而死。
接着，瞿式耙、丁魁楚等奉万历帝之孙桂王在广东肇庆为帝，史称永历帝。永历帝也重用毕方济，而且瞿式耙、太监庞天寿都是天主教徒，永历帝的皇后，殡妃五十余人，官员四十余人，以及天启帝的遗孀—现在升格为太后，都是基督徒。除了永历帝没有人教外，永历朝廷几乎可算是准基督教朝廷了。太后甚至派了卜弥格神父去罗马教廷，请求教皇、耶稣会会长帮助他们“保佑我国中兴太平”。毕方济也曾从澳门借来一支三百人的葡萄牙军队，带着6门重炮，携几百枝火枪。替永历帝收复了一些失地。可是，不争气的朝廷官员们忙于党争、内讧。所以，当卜弥格带着教皇的信件回到中国南境时，这个南明小朝廷已经寿终正寝了。
事实上，澳门的葡萄牙当局已经看出南明的几个政权都成不了大气候，而且清军节节取胜，为了避免开罪新朝廷，也不敢真的帮助这些腐败的南明政权。四个南明政权主要的问题就是内部谁也不服谁，互相倾轧，甚至水火不容，无法形成真正的团结力量。对于外国势力过于盲目崇拜，实际上教皇并无军队，各国也不会为了南明政权兴师动众远征清朝，远水也解不了近渴，注定了四个南明政权的中兴愿望，只能是一场梦幻。
南明皇帝一览
安宗弘光帝（福王朱由嵩、在位1644年 - 1645年）
绍宗隆武帝（唐王朱聿键、在位1645年 - 1646年）
文宗绍武帝（唐王朱聿
