总督巡抚都是起源于明朝的地方官职，最初是中央政府临时性委派管理某一个或者几个行政区域内的军政事务的高级官员，后来逐步成为有比较固定辖区，比如明朝的三边总督、蓟辽总督等等。清朝入关以后沿袭明代制度，巡抚为一省最高的行政长官，兼管军务，而总督则是为数省最高的军政长官，但是早期总督辖区不固定，比如浙江早年单独有总督，到乾隆后才设立浙闽总督，又如洪承畴曾经担任过湖广、广西、广东、云、贵五省总督，以后再也没有过如此大的总督辖区。一般来说清朝的总督辖区在乾隆年间才算正式固定下来。
总督的全称是“兵部尚书都察院右都御史总督某某等地事务”，巡抚则是“兵部侍郎都察院右副都御史巡抚某地事务”加兵部尚书、侍郎头衔是为了可以管理军官（清制提督以下带兵武官见兵部尚书侍郎用堂参礼，也就是武职从一品的提督见文职正二品兵部侍郎也要按属下见直辖上司的礼节）加都察院都御使、副都御使的头衔则是赋予督抚一监察大权，因为御史可以望风言事，直接参奏各级官员。
总之督抚基本上是军政司法大权一把抓的封疆大吏，相对来说本意上总督是以军务为主，兼管行政；而巡抚则反之，但是清乾隆、嘉庆以后则这种区别基本上湮灭了。理论上来说督抚之间只是品级有差异，并没有上下级的隶属关系，但实际上巡抚的行政施法，尤其是军务的处理上是要听直辖总督的“主裁”的。
清朝巡抚相当于现今的省长或省委书记。巡抚是中国明清时地方军政大员之一，又称抚台，巡视各地的军政、民政大臣，清代巡抚主管一省军政、民政，以“巡行天下，抚军安民”而名。
按清代官制，巡抚缺出，均开列具题请补，例由内阁学士、翰林院掌院学士、都察院左副都御史、顺天府府升、奉天府府尹及各省布政使升任。巡抚例有兼衔。雍正元年（1723年），定巡抚加衔制：凡由侍郎授者，定为兼兵部右侍郎、都察院右副都御史衔；由学士、副都御史及卿员、布政使等官升授者，俱加右副都御史衔；由左佥都御史或四品京卿、按察使等官升授者，俱加右金都御史衔。乾隆十四年（1749年）又定，巡抚除由侍郎授者外，余俱兼右副都御史衔，其是否加兵部侍郎衔，应由吏部届时题请酌定。事实上，清代巡抚兼侍郎衔已成定例，因称之为“部院”。
省长或省委书记
巡抚是古代地方军政大臣职称，官职等级相当于现今的省长或省委书记。巡抚是中国明清时地方军政大员之一，又称抚台。巡视各地的军政、民政大臣。清代巡抚主管一省军政、民政。以“巡行天下，抚军按民”而名。
巡抚，就是“巡察抚慰”的意思，尊称抚台。巡抚最早作为特派员，原本代皇帝巡管地方。所以，清初巡抚不是按省设置的，到乾隆时才固定每省一个。后来巡抚逐渐演变为省级“一把手”，主管全省政务。清代巡抚如果兼都察院右副都御史衔为从二品，加兵部侍郎衔就为正二品。不过总督比巡抚官阶更高，管辖范围更大，职权更重。
总督，意思为“总理督察”。最早是因为军事需要，由中央特派，跟巡抚一样，都是中央派下来的官。 所以，理论上无论是总督，还是巡抚，他们实际上都是中央的官，但又长期在地方上主持工作，并且后来干预地方行政，以至于总督和巡抚渐渐成了半中央半地方的省之上级官员。总督兼都察院都御史，官阶正二品，兼兵部尚书衔，就是从一品。所以，总督的级别比巡抚要高。但巡抚不是总督的下属官员，二者原则上是平等的。不过因为总督管辖的范围广，而且掌管多省军政。所以，我们通常认为总督比巡抚大。
总督偏军事，巡抚偏民事，总督地位高，廵抚实权大，总督重在协调，巡抚重在执行，乱世年看总督，太平年看巡抚。明时总督权力小，清时总督权力大。总督相对于大军区司令 ，巡防相当于省委书记。
巡抚（以清朝为例）
清于各省设巡抚，从二品，为一省之
行政
长官，例兼都察院右副都御史，兵部侍郎衔。掌考察全省地方官员。本省关税、漕政等也总归巡抚掌管。若有用兵，则督理粮饷。每年乡试，例由巡抚督试，武科则由巡抚主考。各省巡抚也如总督，都自有直属军营，名为“抚标”。巡抚又多兼提督衔，节制本省各镇总兵。其职权稍次于总督，无总督之省，则更是独当一面，所以巡抚与总督同是地方大员。
各省巡抚兼提督衔的，在清初则是个别，以后逐渐增多，到光绪年间，所有巡抚均兼提督衔，并都加兼理粮饷衔。巡抚直属之“抚标”，一般有左右2营（有几省设有城守营或捕盗营的），最多为4营，其兵额以新疆为最多，达六千余人，湖南最少，仅七百余人。一般为一千至二千多人不等。各抚标最高武职官为参将，以下有游击、都司等，与督标同。
各省巡抚衙门内部组织，仅有书吏人员，且以陕西、贵州两省最多，各有40人，其次是新疆，36人，一般省份，则在20人左右。至光绪三十三年（公元1907年），安徽巡抚冯煦奏设辅助各员，佐理文牍，分科办事，设有秘书、助理秘书、参事等职，并设会议厅。此后，各省也照章增设。
在清代前期，总督、巡抚所辖省区还未十分确定，中期以后，才确定设八督十二抚。总督、巡抚的职权也随着时代而有不同。前期督权远过抚权。总督兼辖区域有包括3省的，例如两江总督按例辖江苏、安徽、江西3省。而后期安徽、江西两省巡抚即不再听从总督指挥。至于衙门设在同一城里的总督、巡抚（如两广总督与广东巡抚同驻广州），经常发生摩擦并相互牵制。为解决这个矛盾，只好把与总督同城之巡抚衙门裁撤，以总督兼巡抚职。
清朝的巡抚相当于现在的省委书记或省长。
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