韭菜长出来的茎有两种:一种是长在地上的花茎，一种是长在地下的营养茎。
茎也被称为韭菜，是植物的顶芽，通过感受低温和长时间的日照而发育。茎高约30 ~ 40厘米，顶端有一总苞，总苞内有花器官。鲜花茎是韭菜的重要产品，味道鲜美，可作为高档蔬菜出售。目前有一种特殊的韭菜品种，其抽薹时间持续时间长，抽薹量和产量都比较大，能形成较高的产值。
营养茎是一种球茎，生长在地下，1 ~ 2岁时呈扁圆盘状。它的顶端被叶鞘覆盖，被生根系统包围，顶端部分是韭菜新根和新叶的分生组织。随着植株年龄的增长和逐年分蘖，营养茎不断向上延伸，分枝成根茎。根茎不仅是分生组织，也是韭菜植物储存养分的重要器官。根茎越粗，韭菜叶越宽，生长越旺盛。在韭菜收获前，以及停止收获时，需要培育肥大的根茎。如果茎盘能达到黄豆粒大小，那么就是较好的韭菜根，可以获得较高的产量。
