两者的区别:
1.性质不同。自营旗舰店是指厂家自己经营的旗舰店，官方旗舰店是指厂家官方认可的旗舰店。
2.范围不一样。一个品牌通常只有一家自营店，但可以有多家官方旗舰店。
3.不同的运营商。旗舰店是官方认可的，直营店是总公司直营的连锁店。
直营店是指由总公司直接经营的连锁店，即由公司总公司直接经营、投资和管理的零售网点的经营形式。其实就是城市中心店或者区域中心店，一般是在某个区域的繁华地段，某个商家或者品牌规模最大、同类产品最全、装修最豪华的店。
扩展知识:
直营店是指总公司直接经营的连锁店，在美国都是加盟连锁店的一部分。它的优点是其管理完全在总公司的控制之下，缺点是因为完全由总公司出资，员工由总公司配备，所以拓展市场较慢。另外，有些店长也是候选人，不是老板，但是经营业绩不如老板加盟商的店长。
旗舰店不仅是一种理念，一个品牌，一种哲学，一套生活方式，更是一种形象旗舰店，用来更好的展示企业品牌形象；也应该是销售的旗舰店，销售业绩好；应该是管理型旗舰店，可以高效管理店铺。
