原因就出在京沪高铁蚌埠南-徐州东这一段上。
京沪高铁是国内最繁忙的线路之一，每天一百多对车（印象里大概130-150左右），而且多数集中在白天10点-18点这段时间。而从合肥往济南走，是必然要通过这个区间的。
因为高铁列车速度快，车与车之间必须有足够安全的距离，否则就有追尾的风险，京沪高铁的发车间隔是5分钟，运行间隔一般大于3分钟，假设合肥有一趟发往济南的车，到达蚌埠南以后要继续北上，京沪高铁上就必须预留10分钟左右的窗口期，才能保证这趟车安全的排进时刻表。
但是京沪高铁并不能保证在任何时间都一定有准确的10分钟窗口期，如果恰好某趟车跑慢了，或者跑快了，或者这趟车本身慢了一点，就可能侵占到这个窗口期，让这个窗口期不可用，这种情况下就需要等下一个十分钟了，但前面已经提到了，京沪高铁很忙，在白天如果错过了十分钟，要等到下一个十分钟是需要很长时间的，这就造成了合肥开过来的车极容易晚点，并且一旦晚点，就要等很长时间。
如果题主仔细观察的话，晚点多数都发生在蚌埠南站。
京沪高铁其它几个跨线节点也是比较容易晚点的，比如胶济客专青岛往济南西，以及从东北方向经天津上京沪高铁等等。但这些节点比蚌埠南好的地方在于，这些都是省会级别的枢纽站点，几乎所有车都会在济南（西）、天津（西）停车，这样就算是晚点1-2分钟，问题也不大。但蚌埠南不是一个大站，如果恰好临近几趟车都在蚌埠南通过不停车，那么要找到下一个跨线窗口就非常困难了。
通常情况下，铁路调度会优先保证标杆车的正点率，通常来说，标杆车的车次号码一般比较小，最近京沪高铁又多了几趟350的提速车（G1/G2、G3/G4、G5/G6、G7/G8、G9/G10、G13/G14、G17/G18），这些车的优先级更高，而合肥方向只有G28和G30两趟等级稍微高的车，这就使得合肥过来的车更容易晚点。
反方向（济南-合肥）不容易晚点的原因是，济南西是在京沪高铁正线上的，不存在跨线的问题，正常发车就可以了。而蚌埠南-合肥南区间的车又不多，晚1-2分钟很容易追回来，时刻表的冗余度很大。即使济南开到蚌埠南的时候晚点1-2分钟，在蚌埠南-合肥南这一段也可以追回来。
凡是跨线车，尤其是从一条不忙的线路跨到繁忙的线路上的，都相对容易晚点，非跨线车几乎不太容易晚点，要晚点的话也可能是整条线路的问题。
合肥-蚌埠段的高铁是2012年通车的，2012年之前连线路都没有，自然也没有晚点的问题。
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选取一个实际的时刻表作为例子（此处有更新，原来的例子不恰当）
G352次就是一趟途经合肥-济南区间的车，一个典型的跨线车。
该车蚌埠南开车的时间是10:50，前一趟经停蚌埠南的是G114次，距离9分钟，冗余度还是很大的，但并非所有车都在蚌埠南停车，G352次前后几趟车都经停徐州东，我把这些车到达徐州东的时间列在图里，可以看到，这些车都是依次以间隔4分钟的距离到达徐州东的。
如果G352次晚点2分钟，在合福、合蚌高铁上，可能很容易追回来，但在京沪高铁上，因为前后车的距离都是4分钟，G352次没有提速的可能性，必须在10:50准时发车，否则后面的车就追上来了。
如果G352晚点了，就要一直等着，我这里的图没写完，G58后面，是G212次11:39到徐州东，然后是G1882次，11:43到徐州东，都是4-5分钟的间隔，直到G36次，11:52到徐州东，才有了十分钟的间隔，可以在这个时间段里加进去，到达徐州东的时间是11:48左右，到达徐州东时已经晚点20多分钟了。
因为京沪高铁徐州东-蚌埠南段太过于拥挤，晚点1-2分钟的跨线车可能要等十几分钟甚至几十分钟才有机会继续开行，别的线路因为不像京沪高铁这么繁忙，所以晚点1-2分钟产生的影响不大。
解决这个问题的根本方法是强制让旅客在蚌埠南换乘，然后把整个京沪高铁时刻表重排。但这在国内很难推行下去，首先是国内车站的站内换乘通道很难承担这么大的客流，而且国内旅客也习惯于坐直通车
g1228高铁经过的站点如下：
苍南：6:52-6:52。
平阳：7:02-7:05。
瑞安：7:14-7:17。
温州南：7:30-7:36。
青田：7:55-7:57。
丽水：8:16-8:18。
缙云西：8:31-8:33。
永康南：8:44-8:46。
金华南：9:04-9:06。
义乌：9:25-9:27。
杭州东：9:59-10:01。
海宁西：10:14-10:16。
桐乡：10:25-10:27。
嘉兴南：10:38-10:40。
上海虹桥：11:08-11:24。
昆山南：11:41-11:47。
苏州北：11:58-12:00。
南京南：12:48-12:53。
滁州：13:11-13:13。
蚌埠南：13:42-13:49。
徐州东：14:27-14:29。
滕州东：14:54-14:56。
济南西：15:39-15:41。
德州东：16:05-16:08。
天津西：16:59-17:13。
滨海西：17:37-17:40。
唐山：18:00-18:03。
秦皇岛：18:40-18:43。
山海关：18:59-19:02。
葫芦岛北：19:44-19:47。
锦州南：20:05-20:08。
盘锦：20:42-20:44。
海城西：21:06-21:08。
鞍山西：21:20-21:22。
辽阳：21:34-21:36。
沈阳：21:59-22:01。
沈阳北：22:09-22:09。
乘坐高铁的注意事项
铁路运输企业按照国家有关规定对旅客所持车票和有效身份证件进行车票实名制查验。车站对进、出站的旅客和人员应当检票，列车对乘车旅客应验票。对应当持证购买的优惠票、优待票，铁路运输企业还需核验旅客相应证件。
旅客检票后在车票发站开车前取消旅行，需办理改签、退票手续的，应在开车前主动向车站声明。
蚌埠南站时刻表：车次, 始发站, 终点站, 车辆类型, 发站, 发时, 到站, 到时, 里程, 历时, 硬座, 软座, 硬卧中, 软卧下
D356 南京南 北京南 动车组 蚌埠南 07:59 北京南 13:55 12 05:56 263 315 - -
G222 上海虹桥 青岛 高速动车 蚌埠南 09:04 青岛 13:30 8 04:26 350 570 - -
D5431 徐州东 温州南 动车组 蚌埠南 09:12 温州南 17:10 20 07:58 332 399 - -
D361 济南西 上海虹桥 动车组 蚌埠南 09:28 上海虹桥 12:07 13 02:39 146 175 - -
D316 上海虹桥 北京南 动车组 蚌埠南 10:15 北京南 15:21 12 05:06 265 420 - -
D282 上海虹桥 郑州 动车组 蚌埠南 10:29 郑州 14:22 12 03:53 161 193 - -
D286 上海虹桥 郑州 动车组 蚌埠南 10:55 郑州 14:49 12 03:54 161 193 - -
G212 上海虹桥 天津西 高速动车 蚌埠南 11:15 天津西 14:03 6 02:48 330 555 - -
G105 北京南 上海虹桥 高速动车 蚌埠南 11:43 上海虹桥 13:40 8 01:57 215 365 - -
G120 上海虹桥 北京南 高速动车 蚌埠南 11:50 北京南 15:15 7 03:25 375 630 - -
D294 郑州 上海虹桥 动车组 蚌埠南 12:47 上海虹桥 15:48 12 03:01 146 175 - -
D365 北京南 福州 动车组 蚌埠南 12:54 福州 22:43 21 09:49 411 - - 658/746
G130 上海虹桥 北京南 高速动车 蚌埠南 13:20 北京南 16:45 7 03:25 375 630 - -
D315 北京南 上海虹桥 动车组 蚌埠南 13:37 上海虹桥 17:16 16 03:39 139 - - 199/223
D320 上海虹桥 北京南 动车组 蚌埠南 13:49 北京南 19:01 15 05:12 265 - - 670/755
G134 上海虹桥 北京南 高速动车 蚌埠南 14:10 北京南 17:40 8 03:30 375 630 - -
D317 北京南 上海虹桥 动车组 蚌埠南 15:32 上海虹桥 18:27 14 02:55 139 - - 199/223
D366 福州 北京南 动车组 蚌埠南 16:57 北京南 22:20 24 05:23 265 - - 670/755
D326 上海虹桥 天津西 动车组 蚌埠南 17:23 天津西 22:19 13 04:56 230 276 - -
D292 上海虹桥 郑州 动车组 蚌埠南 19:11 郑州 23:20 10 04:09 161 193 - -
G166 上海虹桥 北京南 高速动车 蚌埠南 19:54 北京南 23:25 8 03:31 375 630 - -
G52 杭州 济南西 高速动车 蚌埠南 20:47 济南西 22:37 9 01:50 205 340 - -
D362 上海虹桥 济南西 动车组 蚌埠南 20:55 济南西 23:23 12 02:28 137 164 - -
D5432 苍南 徐州东 动车组 蚌埠南 22:19 徐州东 23:01 22 00:42 48 58 - -
D355 北京南 南京南 动车组 蚌埠南 22:28 南京南 23:21 13 00:53 54 65 - -
