南孔庙位于衢州市区东北新桥街东端。庙宇建筑占地十余亩，今之基址为明代正德十五年(1520)始建，而建筑基本上是清代道光年间大规模修建后的格局，但今之建筑物已是晚清之物。首先，这里的建筑布局以儒教礼制为准则，以“正”为出发点，所以用中轴线对称布局，在大成殿主中轴线旁，另外又有数条次中轴线相依排列，使建筑总体排列整齐，如“正”字。其次，从建筑规制上看，十分注重伦理等级。
除了山东曲阜孔庙以外，从全国来说，南方也有一处有名的孔庙，即浙江衢州的“南孔庙”。北宋末年，金人入主中原，宋室仓皇南渡。当时宋高宗移行宫于扬州(1128年)，于十一月在此举行郊祀，召孔子四十八世孙衍圣公孔端友及其父孔传陪祀。后来抵临安，孔端友率部分孔子后裔居浙江衢州，不久就在此建孔庙，从此这里就成了孔子后裔“第二故乡”，成为孔氏南宗。
