腐乳是霉菌发酵而成，在腌制腐乳时会长满白毛，而这些白毛可以促进霉菌的大量繁殖，在霉菌作用下腐乳中的蛋白质更易被人体所吸收，霉菌对人体没有危害，它可以分解豆类中的植酸成分，让维生素更为丰富，也更利人体健康。
豆腐乳是由霉菌发酵，蛋白酶活力很强的根霉或毛霉菌的菌种，根据不同品种的要求加以红曲酶、酵母菌、米曲霉等进行密封贮藏。
腐乳的制作过程中经过了霉菌的发酵，使蛋白质的消化吸收率更高，维生素含量更丰富。因为微生物分解了豆类中的植酸，使得大豆中原本吸收率很低的铁、锌等矿物质更容易被人体吸收。同时，由于微生物合成了一般植物性食品所没有的维生素B12，素食的人经常吃些腐乳，可以预防恶性贫血。
