农民军迅速建立新的国家机构，国号大顺，任命了内阁、六部及文武百官。派出大顺政权的文武官员到各地去建立地方政府，布置防务，征剿还在顽抗的明朝军队。
但是，大顺军陶醉于已取得的胜利，疏于新秩序的建设。李自成虽然感到，距北京不远的山海关，还驻守着明朝的一支大军，关外还有强大的清军，是个威胁，但是没有认识到局势的严重性、紧迫性。他忙于登基做皇帝，大将们忙于追缴明朝大臣、外戚家中的财富。他们不分轻重，不加区别，对追缴对象，包括对象的家属，采用严刑逼供、残酷拷打的办法，这很不利于安定已归顺的原明朝官员的心。甚至有的大顺军将领强占人家的家眷，占据豪华的住宅，过起了骄奢淫逸的生活。士兵们也私藏着在混乱中抢到手的金银财宝，没有了以前那股旺盛的斗志。军心涣散，纪律松弛。李岩等少数将领看到这种情况的危险，劝告李自成，但没有引起他的重视。
尤其不该的是，大顺军的一些将领，不顾大局，将明朝大臣吴襄抓起来拷打，抄了他的家，大将刘宗敏强占了吴家的.歌姬陈圆圆。吴襄是明朝镇守山海关统帅吴三桂的父亲，陈圆圆是吴三桂宠爱的。当有人提醒李自成，吴三桂留在山海关是心腹大患，要赶快解决时，他这才派一个明朝降将去招抚吴三桂，并叫吴襄写信劝儿子归顺。
吴三桂出于保护家属的考虑，准备先归顺大顺政权再说。但当他快到北京时，遇到一些从北京逃出来的明朝官员，一问，知道了他的父亲与爱妾的遭遇，不禁怒火中烧，回头就退到山海关。又想到李自成不会就此罢休，如单独作战，就会受到大顺军与清军的夹攻，死无葬身之地，不如投降清军，对付农民军，还有一条活路。
于是，吴三桂不顾民族大义，写信与关外的清军联系。清军统帅亲王多尔衮哪里会错过这样好的机会，立即答应了吴三桂的请求，带着十多万大军急匆匆赶到山海关外。
李自成听说吴三桂与清兵勾结上了，这才着急，亲自率领六万大军，号称二十万，去攻剿吴三桂。
吴三桂出关叩见多尔衮，又将多尔衮接进关内，杀白马会盟，祭拜天地。商量好对大顺军的办法。
大顺军与吴三桂的叛军相遇了。六万人马，一字排开，长达数里，军容的确威武。吴三桂军队穿着白衣白甲，打出为崇祯皇帝报仇的旗帜，从山海关里冲杀出来，与大顺军混战在一起。杀声震动山谷。
双方正杀得难分难解时，起了一阵大风，飞沙走石，对面看不清人影。埋伏在后边的大量清军，突然冲杀出来，大顺军被冲乱阵势，李自成只得下令退兵。可是大顺军已经没有了秩序，清兵和吴三桂的军队加紧冲杀，大顺军大败而逃。
李自成撤回北京，元气大伤，士兵和将领的斗志都没有了。他决定退出北京，回到陕西老家再说。临行前，他在金銮殿上完成了大顺皇帝的登基典礼。沿途已归降大顺政权的城池，又纷纷反叛，投降了清军和吴三桂。
多尔衮在吴三桂的帮助下，进了北京，从农民军手里抢夺了胜利果实，并于当年就将都城迁到北京，开始了清王朝在全中国的统治。
第二年，清军追击农民军到西安，大顺军抵挡不住，被打散。李自成继续撤退到湖北，牺牲在通山县九宫山下。他的余部，有的参加了南明政权反清的战争。李自成的起义，终于失败。
张献忠在公元1644年11月进入四川，第二年攻占成都，建立大西国，坚持了两年的斗争。公元1647年，大西国在清军进攻下失败，张献忠中箭而死，大西国也灭亡了。
李自成帅农民起义军向明朝都城北京逼近，崇祯皇帝急命蓟辽总督吴三桂回京救援。从山海关到北京，吴三桂的关宁铁骑也就两三天的路程，可是半个月过去了，崇祯自杀了，他还没有到达北京。
京城要陷落，皇帝调兵救援，本来是十万火急的事情，吴三桂接到命令，却没有着急的意思。这是为什么？
崇祯二年，皇太极突破长城，打到北京城下，袁崇焕急忙从山海关回军救援，经过鏖战打退清军。袁崇焕却被崇祯投进监狱，几个月后被杀。吴三桂是袁崇焕的部下，经过此事他对崇祯彻底失望了。
以吴三桂的三五万军队救援北京，对抗李自成几十万农民军成功希望不大，他不想以死报效崇祯这个不仁之君。往北京进兵，速度之慢，因为不想救崇祯，只是没想好下步怎么办。
在动荡的时代保护自己是最重要的，在保护自己的前提下谋求发展，使自己的利益最大化。这是吴三桂这个机会主义者的想法。
他首先想到的是投靠李自成。他觉得不管怎么说，李自成是汉人（实际李自成是羌人，吴三桂认为他是汉人），比投靠满清要好一些。不过他很快反悔了。
一种说法，吴三桂在开往北京去投靠李自成的路上听到消息，说他的爱妾陈圆圆，被李自成霸占了，吴三桂大怒，“大丈夫连一女子都保护不了，还有何面目见人？！”于是降清，借清兵力量灭了李自成，上演了冲冠一怒为红颜的绝世一幕。这是后人演绎的，据考证吴三桂在降清前还不认识陈圆圆。
还有一种说法，李自成的手下大将刘宗敏在北京对大户下手，逼他们交钱，不交钱就用刑，吴三桂的父亲吴襄也在其中。吴襄全家被抓，其中两个下人逃出，给正在进京的吴三桂报信，说吴襄被抓后还挨了打。吴三桂听后大怒，决定投靠清兵。
这事儿是有的，而且李自成知道后马上放了吴襄，说是误会，把吴襄待为上宾，并答应给钱给粮让吴襄写信劝降吴三桂。
自己的父亲和一家老小百口人在李自成手里，如果吴三桂是个孝子，他不会置老父亲的性命于不顾。但是，他却毅然决然掉头回了山海关。
吴三桂先抛弃了崇祯皇帝，后抛弃了父亲，这会得到不忠不孝的坏名声，这些都不顾了，他要干啥？吴三桂其中志不在小，他想干大事儿，他想拥有大明朝半壁江山，甚至全部疆土。
吴三桂经过认真考虑觉得，李自成杀大户，拒绝文化人，成就不了大业，早晚会失败。而且李自成的农民军人数虽多，但战斗力不强，以他吴三桂的能力打败李自成是没问题的，而要打败清兵则困难大大的。吴三桂投靠清兵胜算更大。
吴三桂要和清兵联合创业。他跟多尔衮联系，借清兵平定李自成，许诺打下江山和清兵以黄河为界分而治之。
多尔衮何等聪明，看出了吴三桂的心思，等他打下天下，队伍壮大了，就不是现在只有三五万军队的吴三桂了，他会回头把清兵赶出关外。即使分而治之多尔衮也不干，他要的是整个天下。多尔衮的回答很干脆，一切条件必须在投降清兵的前提下研究。吴三桂无奈，只好投降清兵。
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