卓尼县海拔2000至4920米。卓尼位于甘肃省南部，甘南藏族自治州东南部。东邻定西市岷县、张喜安，南接四川省迭部县、若尔盖县，西接碌曲、合作市，北接临夏州和政、乐康县和定西市威远县，中间为临潭县插花。
卓尼，隶属于甘肃省甘南藏族自治州，位于青藏高原东缘，甘肃省甘南藏族自治州东南部，总面积5419.68平方公里。卓县属高原大陆性气候。下辖11个镇、4个乡和3个乡级单位。县政府设在柳林镇。截至2018年底，卓尼总户籍人口11.07万人。
卓尼地处青藏高原东缘，大部分为中低山丘陵地形。地貌以高原丘陵为主，多为中低山，西南地势高，东北地势低，由西南向东北倾斜。地形分为基岩裸露的冰蚀山地、平原山地裸露地表和轻度至中度水系切割的中山。
