硝化细菌会在1~5天后清除。硝化细菌是一种好氧细菌，可以在有氧气或沙砾的水中生长，在氮循环水质的净化过程中起着重要作用。它们包括一类形状各异的芽孢杆菌、球菌和螺旋菌，属于绝对自养微生物的范畴。硝化菌在适当的环境下可以自我繁殖，但速度很慢。为了加快开缸速度，会加入硝化细菌。加完后水就会浑浊，然后快1天，慢3 ~ 5天，就会变得异常清澈。含氮细菌可以将异养细菌分解水中的粪便和腐烂物质时产生的、对鱼类和其他生物有严重毒性的氨转化为对鱼类毒性相对较小的硝酸盐，硝酸盐会被水中的植物吸收作为肥料，或者被厌氧菌转化为氮。
