医疗合作与医疗保险的主要区别包括:两者覆盖的对象不同；两个支付主体不同；两种支付方式不同；报销比例不同；两者支付标准不同。
合作和医疗保险的区别:
1.两者涵盖的对象不同。
农村合作医疗保险:只有农村户口的人才能办理农村合作医疗保险，其他非农业户口的人不能；
职工医保:城镇所有用人单位及其职工都必须参加，包括企业:国有企业、集体企业、外商投资企业、私营企业等。用人单位还包括政府机关、失业单位、社会团体和民办非企业单位。
对于乡镇企业及其职工、城镇个体经济组织业主及其职工，是否需要办理职工医疗保险，由当地政府机构决定。
2.这两个支付实体是不同的。
农村合作医疗保险:缴费主体为农民个人、集体和政府，该保险可通过三方面筹资为农民提供医疗保障；
职工医疗保险:主要的缴费者是劳动者和用人单位，这个保险可以通过这两方面的筹资为劳动者提供医疗保险；
3.这两种支付方式是不同的。
农村合作医疗保险:农民可以自愿参加，但不是强制性的。如果他们需要这个保险，他们可以参加；如果他们不需要，他们不能。如果要参加，必须以全家为单位，每年都要办理参保缴费手续，而不是一次性缴费。
职工医疗保险:对于用人单位来说，是强制性的，就是用人单位必须为职工办理医疗保险，缴纳的话只能做到一定年限。但只要是第一次参保，以后的费用直接从工资里扣，单位和个人共同承担。
4.两者的报销比例不同。
农村合作医疗保险:参保人不设个人账户，报销比例低于职工医保，有下限。因为是年度参赛，所以参赛今年享受报销；
职工医保:参保人有个人账户，费用会定期转到个人账户，报销比例比较高。虽然有起付标准，但是最高报销限额比较高，医疗费用上不封顶。
只要参保人完成了规定的缴费年限，就可以享受终身医疗保险。
5.两者支付标准不同。
农村合作医疗保险:缴费标准有几种，100元，200元，300元，400元，500元。每个地方都有自己的缴费标准，需要结合当地的缴费标准来选择。
职工医疗保险:其缴费标准与被保险人工资相关，按相关规定比例标准缴纳。一般来说，个人需要交20%，单位需要交80%，也就是说单位要多交。职工医疗保险的缴费标准高于农村合作医疗保险。
