1.细菌性萎蔫病
此病多发生在开花结果期，起病急，传播快，植株常枯萎死亡。初期顶部叶片萎蔫下垂，然后下部叶片枯萎，最后中部叶片发病。部分病株一侧萎蔫或整片叶子同时萎蔫。发病初期，白天萎蔫，傍晚恢复，一般7 ~ 8天死亡。叶淡绿色，病茎表面粗糙，茎中下部有不定根或芽增殖。维管束变为褐色，用手按压茎横切面，可见白色菌液流出。
2.镰刀菌萎蔫病
一般从果实初期开始发病。发病初期，病茎自下而上只有一侧凹陷，导致一侧黄叶，有时一侧黄叶或花序。一开始中午前后中下叶萎蔫，但早晚还是恢复了。后来随着病情的加重，叶片自下而上变黄，根部软烂，一般15 ~ 30天后死亡。靠近地面的茎基部受涝，湿度高时会产生粉红色或蓝绿色的霉变。病株基部的纵剖面显示维管束变成褐色。挤压茎的横截面，没有乳白色粘液流出，和青枯病不同。
3.疫霉根腐病
结果一般在发病前，发病初期茎基部或根部出现褐色斑点，逐渐扩大，然后凹陷。严重时，斑点缠绕在茎或根周围一周，茎叶枯萎，然后整株枯萎。病株拔出后，粗根变成褐色，细根腐烂。剖开病根状茎，可以看到一段维管束变成褐色，不再长出新根，植株逐渐枯萎死亡。该病主要是由于种植后地温低、土壤湿度大、持续时间长，或阴天通风不及时，特别是淹水后造成的高温高湿，加重了该病的发生和蔓延。
4.茎腐
该病可在种植前后至结果期发生。发病初期，茎基部皮层出现暗褐色斑点，逐渐扩大为病斑，叶片变黄，晴天中午前后出现萎蔫。当病斑环绕茎基部一周后，表皮腐烂，病株即可死亡。后期叶片黄褐色死亡，病叶留在枝上，一般不脱落。当病株被拔出时，根系不会腐烂。当患病茎的基部被切开时，木质部变成暗褐色。后期常形成黑褐色大小不一的菌核，与早疫病不同。
5.土壤湿度高。
由于冬季温室内温度较低，湿度相对较大，植物叶片蒸腾量较小，大量浇水导致地温过低，土壤通气性差，出现根部沤制现象。
6.夜间温度低
根系生长的适宜温度为20 ~ 30℃，低于13℃，生理功能下降。长期以来，该植物在13℃生长不良，在6 ~ 8℃停止生长。夜间温室温度应保持在15℃以上，以保证地面温度在20℃以上。
7.昼夜温差大。
番茄结果期的适宜温度白天为25 ~ 28℃，夜间为16 ~ 20℃。当夜间气温低于15℃，日气温长期高于30℃时，地下部分根系受损，地上部分蒸腾量过大，从而导致植物枯萎。
