结局可以说是这部电影最难的部分了，
也可以说是很有意义。很多人说是画蛇添足，其实不然。
你一定记得柯尔特·史蒂文告诉女军官古德温，他会再次输入源代码来拯救克里斯汀，并要求在8分钟内结束现实世界中昏迷不醒的柯尔特·史蒂文的生命。女军官古德温(Goodwin)不相信自己能改变源代码的一切，因为她认为8分钟后就没有任何意义了(记住此时的古德温就是现实世界中的古德温)。但出于对柯尔特·史蒂文的同情，她同意了他的请求，让他去做源代码。
记住，这是源代码，这是柯尔特·史蒂文最后一次输入源代码。柯尔特·西恩惩罚恐怖分子德里克·弗罗斯特，第8分钟亲吻克里斯汀。此时，现实世界中的女军官古德温刚刚结束了柯尔特·史蒂文的生命。但是奇迹发生了。《源代码》里的柯尔特·肖恩没有死。为什么？
首先，电影说明了两个世界是平行的，所以现实世界中女军官古德温造成的柯尔特·史蒂文的死亡，并不能影响《源代码》中柯尔特·肖恩的结合，但某种程度上，恰恰让《源代码》中柯尔特·肖恩的结合不朽；其次，也许这就是爱情的力量(电影里常说的)。
接下来，这很容易解释，因为接下来在相机中发生的一切都发生在源代码中。有些人看不懂结局，也许是因为他们还把接下来发生的事当成是在现实世界里。结合T Colt Sean在火车上给女警官Goodwin发了一条短信(此时恐怖分子已经在火车上被烤熟并报警)，这条短信就是关键。实际上，看短信的女军官古德温并不是电影刚出现的现实世界中的女军官古德温，而是《源代码》中的军官古德温。她也不知道是谁给她发的短信。当她面对医生，看到手机短信上凶手的名字和别人说的一样时，她不知道这一切是怎么回事。
她看到躺在仪器箱里活生生的柯尔特·史蒂文也是真实源代码里的柯尔特·史蒂文，而不是现实世界里死去的柯尔特·史蒂文。一切都发生在此时与现实世界平行的源代码世界里，柯尔特·肖恩和克里斯汀，这个组合，也过着幸福美好的生活。
