漫画后期有很多情节完全不涉及动画，这里就不赘述了。主要讲的是后期动画的原创部分，和动画片不一样。《噬魂师》共有51集动画和25册漫画。动画还原原著的最后一大章是brew(动画34-36集，漫画第8卷)。之后有了几集日常，到第38集基本恢复了原著。然后因为漫画才看了一半，动画也快完了，所以从39集开始就有了大量的原创作品。39集可以算是一个分割线。在此之前和原著大致相同，而后面的部分和原著差别较大。也就是说，按照原著的主线，动画只讲不到漫画一半长度的内容。原著中女巫、死亡、魔法武器和人类工匠之间关系的主要情节和伏笔未示。主角们远没有能力正面对抗几个大boss。第38集之后，动画直接为结局创造了原剧情，让主角们一口气解决了噬魂师中的三大boss:美杜莎、拉克尼、蜘蛛女巫、阿修罗、幽灵。在第39集，因为美杜莎的威胁，不想再背叛搭档，又担心自己会离开死气沉沉的武馆的古洛娜，在动画里立刻把古洛娜弄了回来，但在漫画里这里没有找到，古洛娜又回到了美杜莎身边。原动画后期给了斯坦博士很多戏份，提前杀了女巫美杜莎。此外，蜘蛛女巫拉克尼被迫与阿修罗组队，造成了拉克尼试图利用阿修罗却被杀的局面。事实上，最初的利奥·拉克尼被阿修罗复活释放的疯狂复活，在十字军东征中被女主杀死并被美杜莎带走后，就再也没有出现过。因为按照原著的流程，主角还远没有完成修炼和成长，动画为了完成，逼着主角开了前面刚大boss，所以虽然同样的结局是阿修罗，但是动画和漫画中的最后一战给人的感觉完全不一样，动画中田雷的《勇气之拳》原著非常刻意的仓促。除此之外，很多在原著中死去的角色在动画结尾依然活着，比如守护小魔女的战士米霍尼、玛丽的前男友bj、蜘蛛魔女的守护者基里戈、死亡武器贾斯汀等等。最后补充一点，在原著中，镰刀形态的英雄SOUL的形象一直是穿着衣服的，但在动画中，自从他在教堂被Kulona砍伤后，镰刀中的形象除了穿西装和弹钢琴的时候一直在裸奔。
