新版小娘惹的故事开始于1337年，也就是甲午战争初期，在马六甲地区。正是因为这个时代的特殊性，剧中主角经历了坎坷的人生，与骨肉分离。
剧中主角是菊香和月娘母女的故事。天蓝是一个婢女，和家主生了一个女儿菊香。菊香九岁的时候，因病又聋又哑。后来，从小被欺负的菊香为了逃避婚姻而反抗。一次偶然的机会，她认识了善良、真诚、帅气的中日混血摄影师山本洋介。因为甲午战争，夫妻分居。
菊香和陈升的爱情本身就是一个悲剧。陈升爱菊香，但菊香是聋子。为了子孙后代，陈的祖母要求陈升嫁给，而不是菊香。一次偶然的机会，在新加坡，陈升更加担心菊香的悲惨遭遇，帮菊香付房租，给她买生活用品。他们两个更喜欢对方，但陈升不能给菊阿香的未来。这场战争夺去了山本洋介和菊香的生命，留下了一个女儿月娘，她和祖母蓝田一起长大。长大后，月娘历尽艰辛，重振没落的家业。
