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对公司员工进行罚款，直接从工资中扣除，是违反劳动合同法规定的。
《企业职工奖惩条例》首次规定了对企业职工的罚款权，规定企业可以根据情况对职工进行经济处罚和行政处分。但该规定已于2008年1月15日废止，用人单位不能再依据该规定在规章制度中设立罚款条款。
企业当然不能对员工进行罚款。但如果员工在工作中给公司造成经济损失，公司要求员工承担经济赔偿责任。这时，赔偿的经济责任可以直接从员工工资中扣除。劳动部《工资支付暂行规定》第十六条规定，因劳动者自身原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可以按照劳动合同的约定，要求其赔偿经济损失。经济损失赔偿可以从劳动者本人工资中扣除。但每月扣除额不得超过员工当月工资的20%。当然，在最低工资保障的基础上，扣除工资后不得低于当地最低工资标准。
