南京农业大学的学位与研究生教育已有79年的历史。学校的前身金陵大学农学院和中央大学农学院分别于1936年和1940年开始招收研究生。1952年，经国家部门调整，成立南京农学院，同时进行研究生培养。“文革”期间，学校迁至扬州，与原苏北农学院合并组建江苏农学院，研究生教育中断12年。1978年，我校恢复研究生教育，1981年成为全国首批拥有博士、硕士学位授予权的单位之一。1999年被教育部、国务院学位委员会授予“全国学位与研究生教育管理先进集体”。2000年6月，教育部批准成立研究生院。是全国兽医专业学位研究生教育指导委员会秘书处单位。经过几十年的发展，南京农业大学已成为我国培养高层次专门人才的重要基地之一。
南京农业大学具有良好的研究生培养条件和指导力量，是教育部“211工程”和“985优势学科创新平台”建设单位。有4个一级国家重点学科，2个学科3个国家重点学科，1个国家重点培育学科，8个学科入选江苏省高校优势学科建设项目，5个江苏省一级重点学科。有博士后流动站13个，博士学位一级学科授权点16个，硕士学位一级学科授权点32个。培养研究生的学科涉及哲学、经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、农学、医学、管理学等10个学科。现有博士生导师410余人，硕士生导师1000余人，国务院学位委员会委员12人，全国专业学位教育指导委员会委员5人。2000年开始专业学位研究生培养，15个专业学位授予权，包括兽医学博士、兽医学硕士、农学硕士、工学硕士、公共管理硕士、工商管理硕士、风景园林硕士、会计学硕士、金融学硕士、翻译硕士、国际商务硕士、社会工作硕士、中医硕士、法学硕士、图书情报硕士。自1978年以来，已培养研究生3万多人，其中博士生5900多人。2014年末，在校研究生9400余人，其中博士研究生2100余人，全日制学术和专业学位研究生5500余人，在职专业学位研究生1800余人。培养的研究生受到用人单位的广泛好评，多名研究生在工作中做出突出贡献，先后获得12篇全国优秀博士学位论文和14项提名奖。
研究生院成立后，先后召开了三次研究生教育会议。每届大会的主题是:抓住机遇，积极发展，规范管理，保证质量，以质量为核心，以创新为灵魂。围绕规模、结构、质量、创新和管理等关键主题，我们做出了保证新世纪研究生教育质量和学科建设的战略选择和制度安排。目前承担教育部专业学位研究生教育综合改革试点项目1项，江苏省教育体制改革试点项目1项。
