“牡丹江，牡丹江，你是花之河，流淌着欢乐和希望……”这首牡丹江人耳熟能详的歌曲《花城·花河》是这样唱的，但这并不是牡丹江名字的由来。作为一个不折不扣的牡丹江人，我可以负责任的告诉你，牡丹江是以山命名的，也就是吉林敦化长白山支脉张广才岭的牡丹岭，是源头。还有一种说法来源于满语中的牡丹江，意思是蜿蜒的河流。流经五县一市，分别是敦化县、宁安县、牡丹江地区、海林县、林口县、依兰县。
牡丹江的发源地吉林省敦化市是上游。流经195公里，经大山嘴子流入黑龙江省宁安市镜泊湖。镜泊湖流入宁安的这一段有十几条支流。该段为干流，水流较大，江面较宽。在汛期，水流非常壮观。历史上60年代左右有过一次洪水，然后90年代初有过一次洪水，但是每次洪水都没有决堤，还是比较稳定的。从镜泊湖到宁安和牡丹江交界处的问春镇，水流落差超过100米。进牡丹江62公里，属于中游，江面还是很宽的；海林、林口、宜兰分别为100公里、65公里、70公里。分别是有着“中国雪国”之称的海林、有着“林口大雁”之称的林口、有着金代五国皇帝秦晖“用井观天”之称的依兰，最后通过依兰县西部的硝喷口流入松花江。牡丹江流域无大工业等其他污染源，干流水质可100%达到ⅲ类，是黑龙江省水质最好的河流。
