《纯房东和漂亮房客》的故事按照以下两条主线发展:申请东京大学，履行协议获得幸福。
浦岛泰太郎为了履行约定，多次报考东京大学，故事根据他的经历改编。当第三次和第四次考试被误认为失败时，圭太郎放弃了申请东京大学的想法，但最终他决定继续攻读东大。虽然在圭太郎认为第四次考试也是失败的时候，他对考古学产生了兴趣，并打算探索古物而不是报考东京大学，但后来圭太郎得知考试成功，他探索古物的志向暂时被“就读东京大学”的想法所取代。故事的最后，圭太郎成为了一名考古学家，并最终实现了两个愿望。此外，故事还围绕着“京太郎能否履行约定，与约定的人获得幸福”这条主线展开。而安太郎离开家，在接下来的一个小时里住在酒店，和北田村约好的同时，也在努力履行约定。一是京太郎在学业上努力考上东大，二是京太郎也希望找到小时候约定好的对象。但是，成濑川奈留的出现，双方逐渐的喜爱，以及庆太郎的任命的不确定性，都影响了庆太郎的想法，他希望与之在一起的对象也逐渐从任命变成了Naruhiro。但龙宫之姫木美的出现，一度让京太郎以为她是小时候的约定对象，也让一直坚持“和Naru在一起幸福”的京太郎在两人之间摇摆不定。后来约定人之谜逐渐解开，真正的约定人也是那如。终于坚定了圭太郎和Naru在一起的决心，也确定了故事的结局。
