分为科研、教学、声誉三个方面。
1.科研实力对比
综合科研实力的比较多是比较硬件，论文数量，院士数量等等。中科院的定位是国家科技的国家队，有100多个研究所，几十万员工。每年文章数量世界第一，院士数量远超北大。但中国科学院大学(即国科大)和中国科学院还是要区分的。国科大不能代表中科院，虽然中科院发表的文章也是署名国科大的，国科大网站上也有中科院院士。国科大之于中科院，有点像虚拟机之于pc集群。每个研究所就像一个相对独立的单机，中科院就像一个研究所集群。北大的科研实力也很强，但由于规模和国家定位，整体实力不如国科大。
2.教学实力
北京大学创建于1905年，历史悠久，久负盛名，师资力量雄厚，教学经验丰富，文化积淀深厚。作为综合性大学，专业设置也比较全面。国科大的前身是中国科学技术大学研究生院，创建于1978年。2000年更名为中国科学院研究生院，2012年正式更名为中国科学院大学，并开始招收本科生。以前只能招研究生。毕竟国科大成立时间短，未能有效整合中科院的师资力量和科研资源。匆忙中难免有东拼西凑的缺点。很多老师擅长科研，但缺乏教学经验。尤其是本科教育，由于是2012年才招的本科生，这种体验和北大的差距可想而知。另外，国科大的学科以理工科为主，文科专业非常有限。总之，北大在教学上轻松胜出。
3.声誉等软实力。
从名气上来说，很多科研领域之外的人很少知道国科大，只是觉得名字上应该挺高的，但全国很少有人不知道北大。毕业生找工作，北大的文凭大家都很认可，国科大的文凭在科研领域也还可以。如果你不在这个领域，你将不得不一次又一次地向人们解释。很尴尬的是，很多招聘网站在填写毕业学校时没有国科大这个选项，只能选择“其他学校”。第一轮简历筛选就被干掉了。在上海这样的大城市设置分数线的时候，国科大也被列为二类学校，比985学校少了三分，也是这方面的劣势。
最后总结一下，学校的实力是一回事，个人的选择要考虑的更细致，要为个人量身定制。如果是本科，最好去北大；如果你是研究生，那就要看你有没有决心做科研，也要看你想研究的具体方向。在很多科研方向上，国科大确实是绝对的霸主。
