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乙肝抗病毒治疗是治疗乙肝的根本目的，即要彻底清除或清除潜伏或暴露的乙肝病毒。有两种方法可以衡量这个目的是否达标。一是通过验血，反映病毒是否存在，是否处于复制期，是否具有传染性等；二是通过肝脏组织学检查，发现肝脏内是否存在病毒。病毒处于复制阶段吗？肝损伤的程度如何？血检有问题，可以间接确认和反映肝脏情况。但是，血检没有问题，不代表肝脏没有问题。可能仍有许多复制的乙肝病毒潜伏在肝脏中。诚然树欲静而风不止。
目前绝大多数患者只能通过验血来推断病情，所以结论只能是相对正确的。要真正了解肝脏的实际情况，需要反复进行肝活检。这在理论上是可行的，但实际上做不到。一个病人偶然接受一次肝穿刺是可以接受的，但不可能重复进行肝穿刺。通过血液了解乙肝病毒的具体途径是查乙肝病毒的几个指标(如乙肝病毒“二半”、乙肝病毒脱氧核苷酸核酸等。).所谓转阴处理，就是只把这些病毒指标转阴。过去认为，当这些指标发生变化时，病情自然好转。现在看来，这些认识已经过时，甚至是错误的。现在发现，乙肝病毒在人体血液中的变化其实极其复杂，永远无法用统一的方式来解释。那么，如何判断。分析病毒指标转阴是好是坏？
1、带来正面效应，改善负面转向的性质。一些患者，通过药物治疗或其他方法，HBV指标转阴。最常见的现象是“三大阳性”转为“小三阳性”或“小二阳性”(即表面抗原和核心抗体阳性)，有时甚至转为E抗体和核心抗体阳性。这种情况多见于慢性乙肝病毒携带者急性乙肝痊愈后的自愈和自限，部分患者治疗后出现阳性反应。其特征在于，随着乙肝病毒指标的转阴，症状(食欲不振、乏力、肝区不适、腹胀等。)且患者体征明显改善，肝功能恢复正常并长期保持稳定，乙肝病毒主要复制指标(E抗原，HBVDNA)保持阴性。
2.负面影响和自然恶化。部分患者反复药物治疗，部分患者未经特殊治疗也会出现乙肝病毒指标转阴。最常见的是“大三阳性”转为“小三阳性”或“小二阳性”，有时甚至E抗体和核心抗体转正。虽然病毒指数转阴，但病情越来越严重。具体来说，症状和体征越来越严重，乏力、腹胀、黑面包、肝掌、蜘蛛痣等。肝损害加重，转氨酶、黄疸反复升高，白蛋白明显下降，球蛋白逐日升高，凝血机制恶化；影像学检查发现该病已发展到严重的程度。如果出现这种情况，说明病毒的负向转化带来了不良后果。
这些负面变化大多是由病毒突变引起的。病毒变异的形式多种多样，变异的后果也相当复杂。病毒变异本身就说明病毒是一种适应性强、生命力顽强的生物，并不是那么容易被消灭的。乙肝前C基因突变是最常见的一种。变异后不能产生乙肝病毒的E抗原，所以E抗原为阴性。但是，这并不意味着病毒复制的减少或消失。病毒的复制仍在暗中进行，使病情持续，导致肝硬化，甚至爆发性肝坏死。此外，乙肝病毒的S基因区也可发生突变，其编码的乙肝表面抗原无法产生或表达，患者可出现表面抗原检查阴性。“这是过去乙肝基本治愈的标志。实际上不仅导致医生误判，还会导致乙肝疫苗接种失败。因此，乙肝的抗病毒治疗是治疗的关键，但目前还没有绝对有效的药物可用。乙肝的治疗仍提倡保肝、提高免疫力、抗纤维化、抗病毒等综合治疗。单一治疗往往难以奏效。在治疗过程中，不必盲目要求病毒指标转阴，首先要强调肝功能长期正常稳定。根据我国的实际情况，尽量减少使用疗效不确定、价格较高的进口西药，强调中医治疗原则。从目前的临床情况来看，中医药在乙肝治疗中起着至关重要的作用，其特点是疗效好，价格低。
从目前的临床来看，乙肝的治疗应该把握这样一个原则:任何持续性或活动性乙肝的目标都是使其恢复到乙肝的初始阶段，即乙肝病毒的携带状态，并使其长期稳定在这种状态；对于乙肝病毒，可以视为一种基本的常态，不必刻意服药，只要做好复查、随访和预防工作即可。在现实生活中，要严格区分乙肝病毒携带者和乙肝患者。前者可以归为正常人，不需要特殊对待。后者才是真正的病人，必须治疗。
