3周年的11月，最后一位幕府将军德川庆喜实施了回归的重大政策。不久后，新政府与幕府之间爆发了陈武战争，新当选的集团参加了1868年初的鸟羽之战，被新政府军击败。新当选的集团屡战屡败。嘉州之战后，新选出的团回到江户，此时有部分队员离队。孔杜·伊萨米被新政府军抓获并处决，冲田总司死于肺结核。新入选的团随后参加了宇都宫宫城之战和汇金之战，期间斋藤一离队。与土方岁三团队的一些成员一起，他们与其他幕府支持的部队撤退到北海道，建立了夏邑共和国，并参加了盒屋战争。明治二年(1869年)五月，土方在与明治政府军交战时被射杀。香马继位，中华民国也随着建本武总统的投降而灭亡。
