《忍者神龟-动画版03》讲述了四只技术高超的忍者神龟和他们的老师Sprint，一只来自日本的超级老鼠，生活在纽约一条街道的地下管道中。海龟既勇敢又熟练。为了维护正义，保卫城市家园，他们与狡猾的巴克斯特·多克曼博士、紫龙帮的坏人以及一群神秘而训练有素的忍者(石的部下)殊死搏斗...这四只勇敢、无敌、神气活现的小乌龟，手持忍者刀、武士棍、双截棍、钢叉，奋勇杀敌。一直在和怪物搏斗...性格迥异的小乌龟，以著名艺术家、科学家命名(当时老鼠老师以文艺复兴四大大师命名)。他们是他们的领袖达·芬奇，易怒但热情的拉斐尔，喜欢搞笑的米开朗基罗，以及性格冷静的多那太罗。这四只著名的小乌龟是动漫史上最强的忍者。
