故事并不复杂。一个很有音乐天赋的男孩，叶翔伦(又名肖伦，周杰伦)，转到了一所新的中学。当一个学生转到一个新的学校时，他总是感到有点害怕和不安，更重要的是，他仍然是一个害羞的男孩，性格内向，话不多。随着他带着好奇心慢慢接受这个新环境，他遇到了一个清秀的女孩小雨(桂纶镁饰)。他们第一次在琴房见面的时候，傻小子闯进琴房，把正在弹琴的女孩吓了一跳。他被从琴房传来的迷人的钢琴声吸引住了。他从小到大从来没有听过这种甜美的曲调，所以他问女孩这是什么，女孩神秘地笑了，“这是一个
从此，他爱上了那个弹钢琴的女孩，爱上了那个不知名的音乐。
为了给女孩找一份珍贵的琴谱，叶翔伦大一就向学校著名的钢琴王子发起了挑战。结果学长很没面子，当众把琴谱给了他。从那时起，这个害羞的男孩赢得了许多女孩的心。谁不会被一个有才华有礼貌的男生感动呢？
当然，肖伦和小雨的关系越来越好。他会骑车送她回家，他们两个会经常在琴房一起弹琴。有一次，小雨弹了她第一次见到肖伦时弹的那首歌。小雨告诉肖伦不要在旧琴房里弹这首歌！肖伦还悲伤地说，毕业典礼结束后，学校的旧琴房很快就会被拆除。他将在毕业典礼上为小雨演奏一首曲子。
有一天，她甚至把他带到她家的阳台上。暮色中，面对夕阳和滚滚江水，他们有了人生中的初吻。
肖伦四处询问吃什么有助于治疗哮喘。为此，他甚至答应和他的音乐疯子父亲一起跳舞。结果家里刚买的一堆苹果被肖伦带到学校，让小雨每天吃一个。
但是女孩越来越神秘了。她几乎没有朋友。现在，她甚至经常不来上课。肖伦吃苹果最多的时候，她存了15个，这意味着小雨有15天没来上学。
他去找小玉，小玉妈妈说生病了，在家休息。第二次去找小雨的时候，小雨的妈妈让他进来，说小雨在休息，但是肖伦进了小雨的房间，却发现空空在房间里。如果是这样，肖伦找到了一幅素描画像，而画像中的人就是他自己。同时，他还在小雨的房间里发现了一张发黄的照片。照片上的人是小雨和肖伦的父亲。
困惑、惊讶和好奇立刻占据了他的头脑，使他心乱如麻。回家后，他问父亲这张照片的来历。
原来小雨二十年前是我父亲的学生，他也在音乐班，专业是钢琴。他很有才华。一天，小雨正在琴房练习，无意中在钢琴下发现了一张很破旧的乐谱。她根据乐谱演奏它。在美妙的琴声中，琴房的墙壁开始变得斑驳，房间里的其他家具也迅速改变了位置。原来，这份神秘的乐谱带着小雨穿过石狮空，二十年后也是如此，也就是1999年。
小雨和肖伦产生了误会，因为肖伦在毕业典礼上弹琴时戴了班上喜欢肖伦的女生送给肖伦的幸运手镯...
与此同时空的“秘密”，当旧琴房里奏出名为“秘密”的谱子上的音乐时，让小宇感到困惑，因为在未来的1999年，除了肖伦，没有人会看到她。另一方面，她说可以穿越空时的反常举动也被同学们识破了。因为大家都认为小雨是胡思乱想，精神有问题，所以她妈妈让她退学，从此她就待在家里。但是叶老师并没有放弃她。他甚至亲自去了小雨家，邀请她回学校参加毕业典礼。于是，就有了肖伦在小雨家里找到的两个人的照片。
肖伦恍然大悟，他想起了所有和小雨在一起的往事。他疯狂地冲向学校的旧琴房。他不顾琴房正在被拆除的危险，顺着楼外的脚手架，砸碎琴房的密封玻璃，爬上了旧琴房。碎玻璃划伤了他的手臂。但他完全不顾疼痛，跑到钢琴前，疯狂地弹奏着小雨弹的曲子。窗外，拆迁斗车开始一栋一栋的拆迁，楼房开始颤抖，但肖伦依然若无其事的弹着钢琴。最后，用于拆除的巨大钢珠来到了肖伦弹钢琴的座位上...
