在第三季的结尾，迈克尔和林肯兄弟分道扬镳，但在第四季，他们马上得知莎拉还活着，于是又在一起了。迈克尔再次成功越狱，但仍与公司纠缠不清。迈克尔发现所有的阴谋都与“锡拉”有关，这是“公司”的核心秘密，故事围绕着找到“锡拉”，摧毁“公司”并揭露其旧秘密展开。莎拉不仅“死而复生”，还解释了之前发生在她身上的事。经过了四年的纠缠和生死考验，在故事的结尾，迈克尔和莎拉的关系终于有了一个完美的结局，但可惜的是迈克尔不能和莎拉永远在一起，不能和大家幸福的生活在一起。这样的结局在某种程度上可以算是一种不完美的美。
