在清朝的官制中，内阁是国家的最高权力机构，是宰相处理国家政务的最高官职。很多人对此并不认同，认为军部是雍正之后最强大的部门。众所周知，军部只是一个临时办公室，并不是正式的衙门。军事大臣大多是内阁大学士，所以内阁是行政级别最高的单位。
内阁的本义是宫殿亭子。从官制来看，内阁大臣也是清朝官制中最大的官员。清内阁虽沿袭明制，但又各有不同。内阁的执行工作是宣布皇帝的诏令，起草和传达皇帝的诏令；办理奏折，组织编纂民族典籍和档案等。
内阁的前身是内三院，清朝以前设立。入关后，多尔衮对内三院进行了调整，将内三院打造成二等衙门，并将翰林院划归内三院，分别更名为内翰林国史院、内翰林弘文院、内翰林秘书院。
在领导国家后，为了进一步抑制君王的影响，他首先把与国子监合并的内三院从首都内城迁到紫禁城，并命令大学士在太和门任职。后来，他把内三院和国子监完全分开，正式成立内阁组织，并在故宫大殿上加了国子监的头衔，以提升大学士的尊崇地位。
到了清朝，内阁成为最接近皇帝的辅政中枢机构，内阁中的大学士也成为掌管所有官员、全面管理政务、统治全国的最高官员。
清阁虽沿袭明制，但与明阁明显不同。第一，明朝的内阁处于起步阶段，而清朝的内阁则进一步完善。其组织完整，职责明确，无法与明朝内阁相比。第二，明内阁大学士参与机密政务，大学士的记录则充当宰相，存在国家大事和内阁大权独揽的时代。清内阁只能在皇帝和国务大臣的控制下处理日常事务，不能对六部发号施令，只起到发号施令的作用。明朝内阁权力很大，但大学士官阶不高，清朝内阁权力日益削弱，而大学士官阶很高，但只是最高荣誉。
清朝内阁之下，还有其他下属机构，主要包括:经堂，分为北堂和南堂两个堂，南堂负责海关防务(印刷外文)、接收、发送、处理文稿等。北堂掌管皇位和皇帝办公事务。此室满员，负责审核奏折满文部分，管理重要档案；韩方，负责把奏章翻译成满文；蒙古室，负责蒙古文、维吾尔文、藏文和外国公文的翻译。
清朝内阁主要官员有:大学士、大学士协办、学士在读、学士在读、经典、中书等官员。学士，三堂三馆，满汉二人，皆正品。大学士的职责名义上是辅佐皇帝，处理政务，实际上是为皇帝起草诏书，处理奏章，撰写史书和编年史，担任考试的考官。
共同赞助的大学同学，一个满族，一个汉族，从一年级开始，没有堂号和亭号。他们大多是六书之一的大臣，大学生的副官和助手。学士，满6人，韩4人，例兼礼部侍郎，从二品，主掌传达圣旨和发表政论。有四个学生担任学士，两个蒙古人，两个中国人，他们从四年级开始管理奏章和翻译，但他们不担任学士，也不是由文学学者担任。
读书人10人，蒙古、汉军、汉各2人，为经堂首席，藏书、兑文。中书，定额70人，蒙古16人，汉军8人，汉军30人，又称簿记员，负责奏折翻译和各种手续，为皇帝起草命令等。另外还有40人，蒙古6人，分别负责写作、记笔记、翻译、写作等。行文10人，旗长负责书写诏令等。
清朝的内阁沿袭了明朝的旧制度。内阁大堂位于文华殿的南侧和午门的东侧，沿紫禁城城墙设有内阁办公室，处理内阁的各种政务。
