两者都是理工科强的985大学，排名也比较接近。综合考虑现在和未来发展，东南大学更好(热门专业建设更好，紧跟潮流)。
两个学校各有特色，一个以土木工程出名，一个以医学出名。东南大学土木工程无论是学科评估还是双一流评估，都可以和清华比肩。而原北京协和的中南大学和南方湘雅，除了护理学在这次学科评估和双一流评选中表现不佳，其他矿冶行业虽然做的不错，但都是夕阳行业。
先来看看两所大学的渊源，两所大学都经历了2000年的合并潮。
中南大学于2000年4月29日由湖南医科大学(原湘雅医科大学)、长沙铁道学院(原中南建筑工程学院)、中南工业大学合并而成。
2000年4月，原东南大学、南京铁道医学院、南京交通学院合并，合并南京地质学校，组建新的东南大学。
第二，在学科建设上，东大很多一流专业更占优势。
1.东大有11所一流大学，仲达有4所大学。
中南大学:数学、材料科学与工程、冶金工程、采矿工程。除了材料不算热门专业。
东南大学:材料科学与工程、电子科学与技术、信息与通信工程、控制科学与工程、计算机科学与技术、建筑学、土木工程、交通运输工程、生物医学工程、风景园林、艺术理论。基本上都是目前和未来比较热门的专业，比较符合时代发展。
2.第四轮学科评估，没有差异，CUHK 12，东大11，但东大A+胜出。
三、录取分数线(以几个省份举例说明)，东南胜出。
市场的选择决定了你的认可度和一定的口碑。从录取分数线可以看出，东南大学是大家比较认可的，在高分、优质生源、下限等方面比中南大学略胜一筹。
四、世界四大大学排名，东南胜出。
世界四大榜单显示，东南大学在前20名，中南大学不在前20名。
