退税部门办理出口货物退税的必要工作流程包括退税申请、审批。
出口货物退税申请。在出口货物申报出口、财务销售、退税机关鉴定的基础上，出口企业按照退税截止日期自行计算填写出口货物退税申报表。实行计算机管理的出口企业可以生成《出口货物退税专用收款申报单》、《出口货物退税申报明细表》，并填写《出口货物退税汇总申报单》，连同相关退税凭证和申报资料，向税务机关申请退税。
出口货物审计。分为外贸部门审核和基层税务机关审核。外经贸部门应根据本地区出口退税业务量情况，成立出口退税审核小组或专职审核人员，负责监督检查出口企业执行退税政策的情况。基层税务机关审核是在经贸部门审核的基础上，对企业退税申请进行审核。
出口退税及退税审批。上述城市的国家税务局拥有出口退税的审批权限。他们将出口企业报关单内容录入出口退税计算机审核系统，与报关单、外汇核销单、专用税票等电子数据进行计算机交叉审核。对于审核后的数据，在国家下达的计划指标内，他们填写“收入退还函”送到地方国库，办理退税手续，将税款从地方国库的中央收入中退还给企业。
