元石天尊又名“玉清元石天尊”。在“三清”中，他是最受尊敬的，他也是第一个敬神的道教神仙。《历代仙人镜》称他为“主持天庭的祖宗”。虽然职位高，但出现的时间比太上老君晚。道教早期并没有“佛祖自始”这回事，《太平经》和《香儿注》都没有记载。中国神话传说中没有起源。
道教三清庄严的大殿里，通常供奉着三尊威严的神灵，他们是道教的最高神灵，“三清之父”。站在三清殿门口，玉清元始佛像三清在殿中央，上清灵宝佛像在殿左侧，太清道德佛像在殿右侧。三清是道家哲学“三位一体”理论的象征。后来道教衍生出三位神仙，住在三清景区。
因此，道教神仙体系中最受尊崇的是“三清”神灵崇拜。《道术枢》第七卷引用《太真科》说:“生元玄气，化三清天道:一、清为微天道玉，由气而成；第二天，鱼雨去了清朝，他变得精力充沛。三大红天太清了，都是神秘的空气构成的。从此三种气皆生。”据《云何七剑》《道法慧远》等道教书籍记载，天清玉清，混洞无元。气始生绿，正道升至圣地，天宝尊(第一佛)治之；玉田精，其齐，神仙真镜，灵宝尊智；红色的天空太清澈，它的气体神秘而洁白；登上人间仙境，佛就住在里面。
文:“这四种人的日子，也就是三界之上，不如四种人的日子坏。天空中有三个清晰的领域。三清之上是大罗天，世尊本世纪初所居，应用教育。天宝君临余庆，天高云淡。灵宝君治于上卿，即玉雨天，神宝尊(道德佛)治于太卿，即大赤天。”(《七云之书》卷三《道学初》)而据《集解·真理·读经略》中说:“三清人在玉清圣地，生于元代；上清圣地，道君居其中；太清楚了，你住的地方是一个仙境。
同时，道教的“三清”也体现了道教“三孔真经”的神化。三孔经济教育系第六卷七云》曰:“门大论曰:“云若有三孔，孔言孔。玄达妙，其制有三，故云‘三孔’。第一洞是真实的，第二洞是神秘的，第三洞是神圣的。是三景玄旨，八会灵章。
“据《道法慧远》卷一《清微道法枢纽》清微本尊记载；清朝微宗余庆开创苗道，神代表董部，由太玄辅助，向微宗传播道教。清始祖魏宣祖，聘大道君，代理董部，太平府治，传播灵宝派；清微祖，太清道德五灵玄老君，代表董神经系，太清为辅。正一派孟为之道，贯穿三孔，传道德派、正一派。
