事业单位分类按职能性质分为行政类、公益类和生产经营类。行政类分为行政类和执法类，公益类又细分为公益类和公益类。不同类型的改革有不同的方向和内容。
1.行政机构改革。行政事业单位是指承担行政审批、行政许可、行政确认、行政备案、行政监督职能的机构。根据法律法规的规定，承担政府行政审批职能的应当是政府的行政职能部门。但由于编制和机构的总量控制，政府设置的职能部门数量有限，所以委托一些机构代为履行。事业单位的性质是指公务员管理(部分但不是全部)，行政事业单位由此产生。在此轮机构改革中，各地方案均明确将行政事业单位纳入清理计划，承担行政职能的全部、主要和部分事业单位剥离行政职能，回归机关，或整合到职能相近的机关。今后除执法机构外，不再单独或增设行政机构。由于本次机构改革实行机构和编制限额管理，行政事业单位职能只转移。除了极少数按照“以物编人，以编定人”的职能转公务员外，其余大部分基本保留在改制单位或分流到其他事业单位安置，不可能以公务员替代。
2.公益事业单位改革。公益性事业单位主要是指承担科学、教育、文化、卫生等行政辅助性服务和公益性服务的事业单位。它有两个特点:一是没有充电功能和动力，不适合市场配置资源；二是财政全额拨款支持(部分乡镇卫生院除外)。承担本应由政府承担的基本公益服务，公益类作为事业单位的主要类型，由国家重点保障确定保留。其中大部分将保持现状，但根据功能相似的原则，有些可能需要整合。
3.公益二类机构改革。二类公益事业单位的基本特征是部分资源可以由市场配置，即具有一定的经营或收费功能。有鉴于此，此类机构一般由财政差额拨款支持。改革方向有三类:一类是对主要为行政机关提供辅助性服务或基本公益性服务的，剥离其业务或收费职能，保留在事业单位序列，由财政作为一级事业单位予以支持；二是维持现状，允许其保留业务或收费功能，保证其基本公共服务功能。以上两类占公益二类机构的大多数。还有一些效益较好的中介机构和营利性组织，即收费或经营职能占据大部分主要职能，并能实现自负盈亏的机构，如公证处、律师事务所、园林绿化工程处、殡仪馆等。，都已经改成企业了。包括县级以上公立医院、高校也在尝试取消编制，实行备案制管理，即单位保留事业属性，人员转为企业。
4.生产经营机构改革。所有这些单位都是地方政府自收自支或自收自支。按照事业单位分类改革的要求，2020年底前，这些单位将全部转制为企业。今后，国家将不再批准此类机构。部分在职人员随职能转到其他事业单位，其余人员注销，实行合同管理。从事业单位到企业，很多人担心单位改为企业后会下岗。这个没必要担心。对于正式员工来说，没有被解雇的风险。为了保持干部队伍的稳定，国家的机构改革明确要求平稳过渡，不会简单地推向社会，产生新的结构性矛盾。对于这一点，商务人士可以放心。
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