1、事业单位使用事业编制，按编制类型，可分为全额事业单位、结余事业单位、自收自支事业单位。全额是指由财政全额支持的单位，如人员经费、工资福利等。差额单位和自收自支单位具有部分或全部生产经营功能，可以部分或全部自给自足。在事业单位改革中，自收自支的事业单位要进行转型，将其公共服务职能融入其他事业单位，将其生产经营、收费和中介职能向社会推广，参与自由市场竞争。《组织设立法》颁布后，除法律规定的组织类型外，不得使用自收自支、自我界定、自负盈亏的组织。
2.根据事业单位分类改革规定的分类，事业单位可分为行政事业单位、公益事业单位和生产经营事业单位。行政事业单位是指全部、主要或者部分承担行政职能的机构。目前，省、市、县三级的这些机构正在进行改革，要求其承担的行政职能全部划归行政机关，其承担的公共服务职能按照职能性质予以保留和整合。
公益事业单位分为公益类和公益类。二类公益事业单位改革要求剥离其生产经营、中介和收费职能，向企业化经营转变，整合其公益服务职能。未来事业单位将实行政事、政企、管办分离，只承担公共服务职能。
运营机构是指其生产的产品或服务，可以被市场所替代。这种事业单位彻底改革，取消事业单位，把用过的事业单位收回统筹使用，取消自收自支自负盈亏的编制。正式职工和退役士兵分流到其他事业单位，人事代理、合同工、劳务派遣工等合同管理人员自主择业。
3.按照管理权限，事业单位可分为党委直属事业单位、政府直属事业单位、行政部门下属事业单位、行政部门内设事业单位、事业单位下属事业单位等。
4.按级别不同可分为省、市、县级机构，乡镇七站八所等。
5.根据财务状况，还可以分为财务独立机构和财务独立机构。
6.根据是否具有独立法人资格，可分为法人机构和非法人机构。
7.机构受到机构数量和职能的限制。在各地设立的机构中，省市两级基本相似，县区则相对复杂，有的或多或少，有的单独设立，有的职能整合形成综合中心，不需要一一对应。
