南京大学和中国科学技术大学都是同一级别的大学，有很多相似之处:都是仅次于清华和北大，都属于“华东五大”，都是C9联盟大学。都是中央直属副部级高校、985工程大学、“双一流”A类高校。
南京大学和中国科学技术大学各有特色。南京大学的优势学科是理学和人文社会科学，文化底蕴更深厚；中国科学技术大学的优势学科是理科和少数工科，研究氛围更浓。他们哪个更好，其实一样好。考生在填报志愿时，第一，看自己的兴趣和发展规划。选择喜欢搞科研的中国科学技术大学比较好；第二，专业优先，想读的学校比较强，可以选择哪个学校。
南京大学
南京大学最早的前身是创建于1902年的三江师范学校。此后经历了两江师范、南京师范、国立东南大学、国立中山四大、国立中央大学、国立南京大学等历史时期，其中在国立中央大学时期一度位列亚洲第一。1950年学校更名为南京大学。1952年，全国高校调整期间，南京大学调整了部分院系，与创办于1888年的金陵大学文理学院合并，仍定名为南京大学。南京大学被称为分科最差的大学。现在，19所著名大学，包括东南大学、江南大学、南京师范大学、南京农业大学、南京工业大学、南京信息工程大学、江苏大学等。，都取得了南京大学拆分出来的院系和专业。
南京大学隶属于教育部，有88个本科专业。现有25个硕士学位授权点，1个硕士学位授权点，48个硕士学位授权一级学科，40个博士学位授权一级学科。现有本科生13000余人，研究生16000人，博士生7600人，外国留学生1400人。
一级学科:8个国家重点学科:汉语言文学、数学、物理、化学、天文、地质、生物、计算机科学与技术；马克思主义哲学、世界历史、政治经济学、企业管理、英语语言文学、社会学、信息科学、微电子与固体电子学、环境科学、材料物理与化学、气象学、自然地理、外科学(普通外科)2个学科13个国家重点学科拥有15个世界一流学科建设学科:哲学、汉语言文学、外国语言文学、物理学、化学、天文学、大气科学、地质学、生物学、材料科学与工程、计算机科学与技术、化学工程与技术、采矿工程、环境科学与工程、图书情报与档案管理。第四轮学科评估结果显示，南京大学有41个学科被评为C-以上。
二。中国科学技术大学
中国科学技术大学，隶属于中国科学院，位于安徽省合肥市。学校于1958年在北京创办，首任校长是郭沫若。1970年，在外迁北京的大潮中，学校迁至安徽合肥。该校是唯一参与国家知识创新工程的高校。学校历史不长，但中科院背景很重要，科研实力极强。
一级学科有8个国家重点学科:数学、物理、化学、地球物理、生物学、科技史、力学、核科学与技术。
天体物理学、地球化学、通信与信息系统、计算机软件和理论两个学科有四个国家重点学科。
有两个国家重点学科:安全技术与工程、管理科学与工程。
世界一流学科11个:数学、物理、化学、天文、地球物理、生物学、科技史、材料科学与工程、计算机科学与技术、核科学与技术、安全科学与工程。
根据第四轮学科评估结果，中国科学技术大学共有28个学科评级。具体科目评分如下。
与中国科学技术大学相比，南京大学人文社科学科更强，理科专业各有所长，部分学科更强，计算机和电子信息专业也很优秀。中国科学技术大学理工科较好，有中科院背景，科研资源丰富。从选择上来说，想搞科研最好去中国科学技术大学，其他可以考虑南京大学。
