《命运之石之门》讲述了一个自称疯狂科学家的中学生，意外发明了时光机，然后试图拯救世界。整个动画贯穿了时间旅行和平行世界，以及命运的选择。
因为时间机器的滥用，男朋友的青梅竹马椎名真由理，必须在某个时刻死亡，作为这条世界线的终点。最后，为了挽回她，男人不得不一次次的改变过去，让过去恢复原貌。
但是，如果把过去还原成原来的样子，男主的助理洪立奇就必须再死一次。因为时间线，男人必须一次次面对两个女人的死亡。
