很不一样。完全不是一个概念。
设计的功能和目的完全不同。超级计算机设计的目的是进行超高速计算，以满足模拟核爆炸、天气预报、地震分析、油气勘探分析等海量计算的需要。因此，超级计算机的设计和制造以满足速度需求为目的，成本并不是最重要的因素。
普通电脑主要用于满足个人文档和业务处理的需要，需要在性价比上做出妥协。既要满足日常工作需要，又要控制成本，所以不需要达到太高的速度和容量。
主要部件、处理器、内存和外部存储设备的容量和性能差异很大。为了实现高性能，超级计算机通常使用大量并行设备。比如可能使用几千甚至几万个处理器，内存容量可能达到普通电脑的几万倍。外部存储通常使用特殊的磁盘阵列和磁盘柜。其主要设备一般都是专门设计的，所以通用性可以忽略。
普通电脑一般只配一个处理器，最多不超过2-4个处理器，内存也只有几G到几十G，外部存储通常是1-2个硬盘。普通电脑最大的特点之一就是元器件的通用性和兼容性。各种处理器、内存芯片、外部设备几乎通用，可以灵活搭配。
操作系统和运行模式的差异超级计算机一般根据设计制造厂商的不同理念和模式开发专有操作系统，其驱动程序的开发只需要支持该类型机器所使用的设备即可；它并行运行，可以同时处理许多大规模计算任务。
普通电脑的通用操作系统更好。目前国际上流行的操作系统基本都是微软Windows，开源Linux等。，需要支持大量各种类型的外部设备，驱动程序非常复杂。
