外来物种入侵的原因很多，风、鸟的携带、游客的无意携带，都会给外来物种可乘之机。但外来物种入侵的主要原因不是这些，而是“有意引进”和进出口贸易。以中国为例，根据中国首次全国外来入侵物种调查数据，外来入侵物种中39.6%是由于有意引进，43.9%是由于进出口贸易。
先说说有意引进的原因。最典型的例子就是澳洲兔。当欧洲人第一次踏入澳洲大陆时，澳洲大陆上还没有兔子，而是本地动物考拉和袋鼠的天堂。但也有欧洲人为了满足自己在澳洲大陆狩猎的私利，将兔子引入澳洲大陆。不过，这个介绍不重要。因为没有天敌，兔子超强的繁殖能力在澳洲大陆得到了充分的体现，而澳洲人不吃兔子，最终在澳洲的土地上发现了兔子。这样的案例很多。在中国最典型的是台湾省壶菌。不过壶腹腺最初是为了食用而引入的，出发点是好的。但是因为口味太差被抛弃后就弄巧成拙了。
再说进出口贸易。现代世界所有外来物种入侵的案例，基本都与进出口贸易有关。因为现代海洋运输越来越发达，运输的货物越来越多样，即使有海关检查，稍有不慎也会导致外来物种入侵。一个典型的例子是美国风滚草。19世纪70年代，苏联向美国出口亚麻籽时，不小心把风滚草的种子带进了美国。因为属于草籽，人工很难找到。美国西部地势平坦，气候干旱，非常适合风滚草的繁殖和生长。再加上本地植物无法与风滚草抗衡，所以风滚草最终疯狂生长，造成交通事故，甚至堵塞房屋门窗。
当然，外来物种的入侵也体现在人工自由放生上，比如巴西龟、拾荒者入侵中国，都是不合理放生造成的。
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