两个部门都是政府部门，属于各个局、办的大单位。他们机构规格差不多，人员数量差不多，权责不同，谈不上哪个好哪个坏。两者都可以考虑。但鉴于自然资源局在国土和规划方面的强势地位，从职务权重、社会地位、发展空等方面考虑，我建议优先考虑自然资源局，这也是大多数人的共识。
两个单位的机构概况普通地级市的农业农村局和自然资源局都是正科级机构。事业单位行政编制为公务员，下属单位为参公事业单位和公益事业单位。具体性质看各单位的实际情况。
农业局的主要职责是研究制定“三农”发展规划，起草涉农政策和规范，推进农村社会事业、公共服务、农村文化、基础设施、乡村治理，引导农村特色产业和休闲产业发展，监管农村种植业、畜牧业、农业机械化、农产品质量安全等。可以说，一切与三农有关的工作，都与农业农村局有关。由于职责繁多，农业农村局的机构相当庞大。一般地级市的农业农村局都在十五六个机构以上，不包括农科所、农机中心、果办等十几个下属二级机构。尤其是2018年，党政机构改革后，畜牧兽医局并入农业农村局，市农业农村局规模进一步扩大，其三套机构数量和编制在政府部门中排名前五。除了财政、市场监管、应急等几个部门，自然资源局这样的单位是可以匹配的。
自然资源局的主要职责是负责包括土地、矿产在内的国家自然资源的开发、利用、管理和监督，以及城乡规划、空利用、不动产登记等事务。是2018年整合国土局规划局和发展改革、住建部门、农业等与自然资源纳入规划相关职责的部门重新组建的政府职能部门。由于多个局的合并，多个职责的整合，自然资源局的规模也相当大。其内设机构和二级机构数量远大于综合部门，不亚于金融和市场监管部门。况且其职责非常重大，一直被视为大局，是体制内的重要局。
农业局和自然资源局你选哪个？我觉得具体问题要具体分析。
如果看重权力和社会地位，还是选择自然资源局比较好。国土、规划等自然资源局的职责与城乡工程建设相关，具有行政执法职能。一直是各级政府和企业家追捧的对象。其职权相当重要，社会地位也比较高。尤其是一些关键处室，比如土地开发利用科、矿产资源管理科，一个科长的权力甚至可以影响到下面县的县领导，分量之重，农业农村局很多科室都没有。当然，权力和责任是相互依存的，权力越大，责任越大。自然资源局的很多岗位向来容易被腐蚀，走上违法违规甚至违法乱纪的道路风险大也是体制内不争的事实。
如果看重发展前景，两家单位整体在一个水平上，但自然资源局会略占优势。毕竟自然资源局的重要性摆在那里，很容易被领导召见。一旦在岗位上做出了成绩，很快就会进入领导的视线，得到提拔和重用。这方面，农业农村局比较弱。自然资源局的领导普遍比农业农村局好，也可以印证这一点。
如果考虑工作环境，可以考虑农业农村局。一是工作节奏和压力比自然资源局低；二是服务对象主要是农村和农民。工作标准和要求没有自然资源局那么严格枯燥，舒适度相对更高。
