生殖隔离在物种基因中起保护作用。环境可能会对它们之间的繁衍造成外部障碍，但仅仅是河流或山脉等外部障碍并不能使早期物种独立成熟。外来因素可能会启动这一过程，但要完成物种形成，内部(即基于基因的)基因流动障碍的进化是必要的。如果基因流动的内部壁垒不进化，两个群体的个体重新接触，就会自由交叉。无论进化出怎样的基因差异，都会随着基因融合在一起而消失。物种形成要求两个早期物种不能一起产生可存活的后代，或者避免与另一个群体的成员交配。
这里有一些阻碍基因流动的障碍，这可能有助于物种形成。它们起源于自然选择、性选择甚至遗传漂变；
不同交配地点、交配时间或交配仪式的演变；
交配的这些方面可以完成基于遗传变化的生殖隔离和物种形成的过程。例如，建造精致巢穴的园丁鸟用不同的颜色装饰来吸引雌性。如果两个早期物种在这种交配仪式中进化出差异，它们可能会被永久隔离，交配过程也就完成了。
性器官之间缺乏“契合”；
我们很难想象，但对于生殖器形状多变的昆虫来说，这可是个大问题！
后代无法存活或不育；
如果两个交配群体的后代不能存活或繁殖，那么所有的求偶和交配都白费了。
地理隔离可以引发物种形成事件，但基因变化是完成这一过程的必要条件。
