故事发生在19世纪上半叶密西西比河畔的一个普通小镇。汤姆·索亚是个淘气的男孩。他和他同父异母的弟弟都在月经波利的监护下。他总能想出各种恶作剧让波利月经无奈，也总能想尽办法逃避惩罚。
一天，汤姆遇到了可爱的女孩贝基·撒切尔，她是撒切尔法官的女儿。汤姆一看到她就袭击了她。而他的爱似乎得到了回应。镇上有个孩子叫哈克贝利·费恩。他的父亲总是酗酒，他的父母总是吵架，所以他跑出去独自生活。他看起来与文明社会格格不入。大人们不喜欢他，但是汤姆和他是好朋友。
有一天他们约好晚上一起去墓地，却看到了意想不到的一幕。他们看到了罗宾逊医生、恶棍印第安·乔和喝醉了的莫夫·波特。在他们混乱的打斗中，印第安·乔杀死了医生，然后归咎于被打晕的波特。汤姆和哈克吓坏了，发誓绝不告诉任何人。波特被捕后，汤姆感到非常内疚，经常去看望他。这时，汤姆的一切都出了问题。贝基生他的气，不理他。波利月经来时总是骂他。他觉得没人关心他。
于是，汤姆、哈克和村子里的另一个孩子乘船去了一个小岛。但没过多久，他们发现村里的孩子以为他们淹死了，正在搜寻他们的尸体。汤姆晚上悄悄地回到了月经的家，发现波利·月经正在为他的死而悲伤。汤姆感到非常惭愧。最后，他们三个在村民为他们举行葬礼的时候回来了。
当夏天到来时，汤姆感到更加不安，因为法官将对波特的罪行做出判决。汤姆最终克服了自己的恐惧和自私，指出印第安·乔是凶手。但凶手还是逃脱了。后来，汤姆又想出了一个主意:寻找宝藏。汤姆和哈克偶然发现了印第安·乔和他的一大笔不义之财，但他们不知道他把钱藏在哪里。
贝基和她的同学出去野餐时，哈克得知印第安·乔要伤害道格拉斯寡妇，因为她的丈夫把他送进了监狱。幸亏哈克及时通报，避免了一场悲剧，但印第安乔又跑了。这时，汤姆和贝基在野餐时走进了一个山洞，由于山洞太深找不到回去的路，他们被困在了里面。
他们在山洞里又遇到了印第安·乔。村民们竭尽全力营救汤姆和贝基，并封闭了山洞。后来，汤姆告诉村民印第安·乔还在里面。当他们找到他时，他已经死在洞里了。恶人有恶报。汤姆和哈克又回到山洞，找到了宝藏。
